Paul Atreides is de erfgenaam van het Huis Atreides. Hij staat op het punt om met zijn familie de planeet Caladan te verlaten voor Arrakis, een woestijnplaneet die ook bekend staat als ‘Dune’. De nieuwe planeet is rijk aan melange, dat meestal ‘the spice’ genoemd wordt. De unieke drug met levensverlengende, geestverruimende en soms dodelijke krachten wordt beschouwd als het meest waardevolle goed in het hele universum.

Een buitenaards wezen dat lijkt op Ra verschijnt uit de Stargate, doodt vijf soldaten en ontvoert een ander, een jaar na de oorspronkelijke Stargate-missie. Er wordt een nieuw team samengesteld, inclusief enkele oude leden, en ze gaan op zoek naar de vermiste soldaat om erachter te komen hoe Ra nog in leven kan zijn. Ondertussen ontvoeren de buitenaardse Goa'uld Sha're en Skaara, implanteren ze met symbionten en maken ze tot Goa'uld-gastheren.

In het jaar 2045, na een economische ramp die bekend staat als de Synchronized Global Default, zorgden de snelle ontwikkelingen op het gebied van AI ervoor dat de wereld in een staat van ‘Duurzame Oorlog’ belandde. Het publiek is zich echter niet bewust van de bedreiging die AI heeft voor de mensheid. Een compilatiefilm met nieuw toegevoegd beeldmateriaal.

Net als de Japanse speciale edities van andere Gundam- en Sunrise-animeseries, is dit het laatste van drie delen, waarin de tweede helft van het tweede seizoen van Gundam 00 wordt samengevat in lange video's. Ze bevatten allemaal een aantal nieuwe geanimeerde sequenties en een aantal gedeeltelijk opnieuw opgenomen dialogen.

Het begint allemaal met het verhaal dat onverteld bleef: het wereldschokkende incident waarbij Rentons vader verdween. Met de mysterieuze piloot Eureka aan zijn zijde kon alleen Adroc Thurston zijn eigen fout ongedaan maken, waardoor de gebeurtenis ontstond die alles veranderde en hem de titel van held opleverde. Nu, tien jaar later, verkeert Eureka in kritieke toestand als Renton de bemanning van de Gekko verlaat. Maar wanneer hij onder de hoede van de oude vrienden van zijn vader komt te staan, moet hij een keuze maken. Blijf bij de liefdevolle familie waar hij altijd al naar verlangde, of de liefde waarnaar hij op zoek is.

Na een feestje wordt een groep vrienden midden in de nacht gewekt door geheimzinnig blauw licht dat door het raam naar binnen schijnt. Als motten aangetrokken door een vlam lokt het licht mensen naar buiten, waar ze plotseling in het niets verdwijnen. Snel ontdekken ze dat buitenaardse wezens proberen de gehele mensheid te vernietigen. De mensheid vecht tot het uiterste om te overleven.

Prins Flick komt uit de ruimte en vraagt ​​de Trapalhões om hulp om de planeet waar hij leeft te bevrijden van de overheersing van de kwaadaardige Zuco. Hij biedt een beloning aan die wordt aanvaard door de vier vrienden, die aan boord gaan van een ruimteschip, bestuurd door een harig monster genaamd Bonzo.