1914年、ナイル河畔の地下の神殿で見つかった古代文字は火・水・土・風以外の“第5の要素”があると示す。2214年、ニューヨーク。久しぶりに地球を訪れたモンドシャワン人の宇宙船は、武器商人ゾーグとその手下マンガロワ人に撃墜される。宇宙船にあった細胞を再生すると、地球の言語が分からない美少女が生まれ、町に逃げ出す。彼女、リールーはタクシー運転手コーベンに救われ、彼女の言葉が分かる神父のもとへ向かう。

T-ウイルスは世界中に蔓延し、遂に東京でも感染者が出た。そして、世界滅亡のカウントダウンが始まった。それから4年後。アンブレラ社は東京、渋谷の地下に巨大要塞を築き、アルバート･ウェスカー議長の指示の下で実験を繰り返していた。その地下要塞を、アリスが自身のクローンたちと共に襲撃。地下要塞は壊滅的なダメージを受ける。 ウェスカーは地下要塞をあっさり見限り飛行機で一人逃亡、予め仕掛けていた特殊爆弾[4]を爆破する。クローンアリスもろとも東京は地下要塞ごと壊滅した。 ウェスカーは勝利を確信するが、オリジナルのアリスは生き延びてウェスカーと同じ飛行機の中にいた。アリスはウェスカーを追い詰めるが、不意打ちを受けて取り逃がしてしまう。