Hong Kong, 1962. Un home i una dona, ambdós casats, queden sovint, ja que les seves respectives parelles viatgen molt per qüestions de feina. Un dia han de fer front a uns fets extremadament dolorosos.
Han passat tres anys i Batô segueix a la Secció 9. El record de la comandant Kusanagi no l'abandona. Ara ha d'investigar el cas d'una robot femenina destinada al plaer, que ha assassinat el seu propietari.
Era escriptor i pensava que escrivia sobre el futur, però realment escrivia sobre el passat. En la seva novel·la, un misteriós tren sortia de tant en tant cap a l’any 2046. Tots els que anaven en ell tenien la mateixa intenció: recuperar la seva memòria perduda. Es deia que en el 2046 res canviaria. Ningú sabia del cert si era veritat, perquè cap dels que van anar va tornar mai. Excepte un... Va estar allí. Va elegir marxar. Volia canviar.
Tot l'equip de l'inspector Wing, de la policia de Hong Kong, ha estat assassinat per la banda de Joe. Wing es converteix en un borratxo enfonsat que se sent culpable per la mort dels amics. Però un oficial novell traurà Wing del pou i tots dos començaran l'aventura per venjar-se de Joe i de la seva banda de "Els Cinc".
L'actitud individualista de Kevin Chan en la lluita contra el crim li ha significat una degradació com a policia. Per altra banda, pateix les amenaces i la provocació contínues d'una organització criminal, el cap de la qual ell va posar en mans de la justícia. Kevin vol anar-se'n de vacances per evitar tota aquesta pressió, però no pot fer-ho a causa d'un seguit d'amenaces de bomba a Hong-Kong. Segueix algunes pistes per seu compte i, quan comença a acostar-se als culpables, la seva promesa pateix un intent de segrest.
Un oficial de la policia de Hong Kong, l'inspector Chan Ka Kui, és destinat a la Xina per acabar amb una banda de tràfic de drogues. Per poder fer-ho caldrà que s'infiltri.
Després de passar el pitjor dia de la seva vida, el descontent reporter de televisió Bruce Nolan aconsegueix un poder diví, ja que recrimina a Déu que no té ni idea de com està portant "l'assumpte". Davant aquest desafiament, Déu decideix donar-li tots els seus poders per veure si és capaç de fer-ho millor que Ell.
La Divisió, una agència governamental clandestina, té una finalitat fosca: alterar genèticament persones normals per convertir-les en soldats amb poders psíquics. Aquells que no hi volen participar o que hi estan en contra, són eliminats. Nick Gant s'amaga de la Divisió des que, sent un nen, van assassinar el seu pare. Nick ha heretat els seus poders telequinètics. Ocult a Hong Kong se sent segur, però es veurà forçat a sortir del seu amagatall quan s'encreui al seu camí Cassie, una noia de 13 anys que pot veure el futur. Cassie li demana ajuda per trobar Kira, una jove que té la més poderosa de les habilitats psíquiques desenvolupats per la Divisió: pot implantar pensaments a les ments dels altres. Kira té la clau per acabar amb la Divisió, i Nick i Cassie l'han de trobar abans que ells.
Quan uns terroristes despietats amenacen de fer caure les Nacions Unides, senyalen l'únic home que creuen que els pot aturar: un expert en seguretat internacional anomenat Shaw. Ara ha de fugir dels seus propis aliats i esdevenir una força solitària definitivament, mentre intenta aturar el que podria ser la Tercera Guerra Mundial.