佐藤が企てる計画の第2ウェーブ「浄化」によって要人が次々と殺されていき、計画は最終段階である「第3ウェーブ」に進もうとしていた。日本政府はテロリストには断固として屈しないという姿勢を貫き、水面下では警察や特殊部隊、そしてアメリカ国防省もそれぞれの動きをみせるなか、亜人の高校生・永井圭も佐藤を無力化させるための策を練るが……。
1988年、関東地区に新型爆弾が使用され、第3次世界大戦が勃発した――。2019年、ネオ東京。金田をリーダーとするバイクの一団は進入禁止の高速道を疾走していた。しかし、先頭にいた島鉄雄は突然視界に入った奇妙な小男をよけきれずに転倒、負傷する。小男と鉄雄は直ちに現れたアーミーのヘリに収容され飛び去ってしまった。翌日、鉄雄を捜す金田は、少女ケイと出会う。彼女は反政府ゲリラの一員で“アキラ”という存在を追っていた。その頃、鉄雄はアーミーのラボで強力なクスリを連続投与され、不思議な力を覚醒し始めていた…。
敗戦から十数年。占領軍統治下の混迷を抜け、国際社会への復帰をめざし高度経済成長を続けるもう一つの日本。しかしスラム化した首都での凶悪犯罪が激増。武装する反政府勢力により首都圏治安警察機構との武力衝突が相次いだ。治安の番人として強化服と重火器で完全武装する、“ケルベロス”というその精鋭集団は、ゲリラを徹底的に排除してゆくのだった。
阿良々木暦の物語は終わった。地獄のような春休みから始まり、いくつものめぐり合わせを経て、阿良々木暦の高校生活最後の一年間は終わった－－かに思えた。だが卒業式を終えた翌朝、思いがけない事態が起こる。暦は、鏡の世界に迷い込んでしまっていた。これは、高校生でもない、大学生でもない、そんな時期に阿良々木暦が体験した、終わりの、続きの物語。
あの戦いから2年。 セフィロスがもたらした大破壊から立ち直りつつあった 魔晄都市「ミッドガル」を、謎の厄災が襲う。 「星痕症候群」と呼ばれるその病は、治療方法も見つからないまま次々と人々を死に至らしめていく。 この病に呼応するかのように現れた新たなる敵。 平和と引き換えに大事な仲間達を失い、深い自責の念に心を閉ざしていたクラウドは、眼前に迫った避けようのない戦いを前に思い悩む。 「罪って許されるのか。」 長い葛藤の末、ついに戦いを決意するクラウド。 敵の目的は何なのか?なぜ人々が病に倒れるのか? 人知を超えた戦いの先に待ち受けていた真実とは──。
炎を操る新人類バーニッシュの出現に端を発する惑星規模の発火現象である世界大炎上により、人口の半分が焼失してから30年が過ぎた世界。自治共和国プロメポリスでは、炎上テロを繰り返す過激派バーニッシュの集団マッドバーニッシュに対抗すべく、対バーニッシュ用装備を扱う高機動救命消防隊バーニングレスキューが消火活動を行っていた。 バーニングレスキューの新米隊員ガロ・ティモスは、火災現場でマッドバーニッシュの首魁である少年リオ・フォーティアと出会う。「燃えて消す」を流儀とするガロと「燃やさなければ生きていけない」と語るリオは、互いの信念をかけて熾烈な戦いを繰り広げる。 燃える魂をぶつけ合う二人の戦い、果たしてその先にあるものとは――
戦争の影響で人々は地上に住むことが困難になり、星も見えない世界。かつて“屑屋”と名乗っていた男は“星屋”と名を変え、地下で生活する人々に星の美しさを伝えている。また、彼に敬意を払う人々には“星の人”と呼ばれていた。そんな世界を旅する星の人には、ある心残りがあった。旅の途中で3人の少年少女に出会った星の人は、かつて知り合ったロボットの少女と、彼女と出会った“封印都市”のことを思い出す。
イッシュ地方を手中に収めるべく暗躍していた組織「プラズマ団」。今ではサトシとNらの活躍で壊滅してしまった彼らは過去に絶滅したポケモンを現世に蘇らせていた。それが3億年前までに生息していたといわれる古代のポケモン「ゲノセクト」だった。化石から復元させられた5体のゲノセクトは背中に砲台を取り付けられた。だが5体は人間への憎しみを芽生えさせプラズマ団から逃げ出してしまう。そして現在。ゲノセクト達は元々いた住処へと帰ってきたが、そこは既に変わり果てていた。そこへ人間がミュウの遺伝子を使って生み出したポケモン「ミュウツー」が現れる。ゲノセクトの声を感じてやって来たミュウツーは彼らの心を読み、自分と同じ境遇を持つゲノセクトを救おうとする。しかし、赤い体色のゲノセクトがそれを拒否すると仲間を従わせ、ミュウツーを攻撃。そのまま去ってしまう。
ボブが働くバーガーショップ“カニカーニ”にある秘密のレシピが、邪悪な海賊バーガー・ビアードに盗まれた。レシピの盗難でバーガーが作れなくなり、海底都市ビキニタウンは大混乱に陥る。ボブは大親友のヒトデのパトリックや、お隣さんのタコであるイカルド、リスの女の子サンディ、そして、カニカーニのオーナーであるカーニらとともに、海賊を追いかけて地上の世界へ。すると海賊はなんと自分のバーガー店を開いていた。
テレビシリーズ最終回から1年。玲花に神代家と並ぶソードオブロゴスの名家、御手洗るいとの縁談の話がやってきた。凌牙は玲花の幸せを願い、剣を捨ててお見合いをしろと命じる。兄のためにお見合いに向かう玲花だが、わざと品のない食ベ方をして、るいに嫌われようとする。だがそんな玲花の本心をるいは見抜き、自分も最初は縁談に乗り気ではなかったが、世界の秩序を守る為に戦った自分の志と似ている玲花だったから受けたと告げ、プロポーズをする───。玲花結婚が決まり、これでよかったのかと日々悩む凌牙。そして挙式まで残り1週間と迫ったある日、緋道蓮から凌牙に１本の電話が入る───。