科学の飛躍的な発展の結果、労働者たちは地下に押しやられ、巨大な工場で家畜同然に管理されている一方、資本家たちは地上で享楽的生活を送っている。社長の息子は地下に降りて、彼らの悲惨な生活を知る。労働者の娘マリアは、労使間に人間的な絆が皆無であることを仲間に訴え、これがストライキの気運を生む。そこで社長はマリアを監禁、彼女そっくりの人造人間を作って事態収拾にあたるが、人造人間は狂い始める。

1988年、関東地区に新型爆弾が使用され、第3次世界大戦が勃発した――。2019年、ネオ東京。金田をリーダーとするバイクの一団は進入禁止の高速道を疾走していた。しかし、先頭にいた島鉄雄は突然視界に入った奇妙な小男をよけきれずに転倒、負傷する。小男と鉄雄は直ちに現れたアーミーのヘリに収容され飛び去ってしまった。翌日、鉄雄を捜す金田は、少女ケイと出会う。彼女は反政府ゲリラの一員で“アキラ”という存在を追っていた。その頃、鉄雄はアーミーのラボで強力なクスリを連続投与され、不思議な力を覚醒し始めていた…。

15歳の少年ジムは惑星モントレッサで母と2人暮らし。彼の父は、ジムがまだ幼い頃に家族を捨てて宇宙へと旅立ってしまった。ジムはその影響からか、トラブルばかり起こして母を困らせている。そんなある日、彼の家の近くに宇宙船が不時着。ジムは船内にいた瀕死の男を救出する。この時、男からある箱を渡されたジムは、男を追ってきた海賊の追跡を逃れ、宇宙物理学者ドップラー博士のもとへ辿り着く。そしてその箱を調べてみると、莫大な財宝が眠るという伝説の“トレジャー・プラネット”への地図が入っていた。

地球温暖化が進んで一部の海に近い土地が沈み、妊娠・出産に厳しい許可制度がしかれ、人間の代わりに多くの資源を必要としないロボットが活躍する未来。その時代に人間と同じ愛情を持つ少年型ロボットとして開発されたデイビッドは、彼を製作したロボット製造会社の社員、ヘンリーとその妻モニカの元へ試験的に送られる。夫妻には不治の病を持つ息子のマーティンが居たが、現在は冷凍保存で眠っていて目覚める保証はなく、実質的に子供がいないのと同じだった。

元々は軍事用ロボットだが、落雷によるショート・サーキット（回路不良）で感情を持ってしまったナンバー・ファイブ。以前は工場から逃げ出す騒動を起こしたが、今や人間たちにもなじんでジョニー5というニックネームで呼ばれる。NYでジョニー5のおもちゃを作って売っているベンはデパートで働くサンディの依頼を受け、おもちゃをひと月で1000体作ることに。そこに本物のジョニー5が現われ、おもちゃ作りを手伝うことに。

どこにでもいそうな11才の少年ジミー・ニュートロン。だがそんな彼はなんとIQ302の天才発明家でもあった。今、地球人の大人がタマゴ星の神ニワトラーの生け贄にされようとしている。この危機から地球を救うため、ジミーはロケットで出発。タマゴ星のガーボッド王に挑む。

タヒチ沖で海難事故が続発する一方、パナマの丘陵地帯で巨大な足跡が発見される。調査にあたった生物学者ニックは、これが核実験の影響で誕生した新種の巨大生物ではないかと推測。長雨に曝されていたニューヨークへ突如、その生物－ゴジラ－が現れた。ニックはこの巨大生物がマンハッタンに巣を作ろうとしている事を突き止める。

最終戦争の結果、文明が崩壊した世界。人々が暮らす“オアシス”ではウォーロード（司令官）が率いる暴力集団“レイダース（侵略者）”が恐れられるが、“オアシス”の女王（クイーン）は難病に苦しみ、その息子プリンス（王子）は“命の寺”とされる伝説の町パラダイス・ビーチに難病の治療薬を求めて旅立つ。一方、ウォーロードは人間の美女にそっくりだが高い戦闘能力を持つアンドロイド、アッシュを手に入れてかわいがる。