クリスマス休暇をパリで過ごそうと計画する、ある家族の親戚を含む15人。無事出発したと思った矢先、ママは飛行機の中で重大な忘れ物に気付く。なんと8歳の息子ケビンを家に置き忘れてしまったのだ！　こうして、ケビンはひとりぼっちで夜を過ごすことになるが、さらにその夜、空巣狙いの泥棒2人組が家に忍び込む。それに気付いたケビンは自分が家を守らなくちゃと、2人組相手にたったひとりで奇想天外な撃退作戦を展開する。

クリスマス休暇を常夏のフロリダで過ごそうと空港にやってきたマカリスター一家。ところが、なぜかケビンだけが間違えてニューヨーク行きの飛行機に乗ってしまい、またまた彼はひとりぼっちに。偶然にもクレジット・カードや現金の入った両親のカバンを持っていたことから、ちゃっかり高級ホテルで悠々自適の暮らしを楽しむケビンだが、そこでなんと、かつて撃退した泥棒コンビに再会してしまった。

山岳地帯でのレスキューに失敗し、アライグマの命を救えなかったエースはチベットの僧院にこもり魂の救済を求めていた。だが、アフリカのある部族に伝わる聖なる白い大コウモリ“シカカ”が盗まれたと聞き、相棒の猿のスパイクと共にその救出に向かった。二つの部族の間で行われる結婚式の日までに“シカカ”が取り戻せないと、部族間で戦争が起きてしまうのだ……。

国際的な犯罪グループが盗んだマイクロチップが移送中に空港で間違えられ、シカゴの高級住宅街に住む老婦人の手に渡る。それを知った彼らはチップを取り返すべく、さっそく住宅街の捜索を開始する。日中はほぼ無人と化す住宅街だったが、そんな彼らの行動を、病気で学校を休んでいたアレックス少年が発見。警察に通報したがまったく相手にされず、アレックスは自分独りで悪者たちに立ち向かう決心をする。