ゲーテの戯曲「ファウスト」をシュヴァンクマイエルが自ら翻案し映画化した「アリス」に続く長編2作目。実在したとされる魔術師の伝説が独自の解釈によってつづられ、奇妙な生物たちの姿や独特な食事描写などが実写・粘土細工・ストップモーションアニメーションなどを駆使して描かれていく。

歴史学者であり冒険家のベン・ゲイツは、テンプル騎士団の秘宝の秘密を受け継ぐ一族の末裔。祖父に、秘宝は当時のフリーメイソンらによってイギリスの手に渡らないようにアメリカ建国時に封印されたと聞かされて育ったベンは、大人になってから富豪の冒険家イアン・ハウからトレジャーハントの出資を受ける。ある時、ハントの過程で彼は海泡石のパイプを発見し、「アメリカ独立宣言書」にその秘密が隠されていることを突き止める。

星座が誕生する以前の古代ギリシア時代。世界を支配していたのはクロノスが率いるタイタンの神々だった。しかし、クロノスの息子の神であるゼウス、ポセイドン、ハデスらオリンポスの神が台頭した。ゼウスはハデスに「父を倒す為の怪物」を創る様に頼んだ。ハデスは自身の肉体を削り恐ろしい怪物クラーケンを創った。クロノスを打ち倒したゼウスたちはそれぞれの支配地を決めたゼウスは天界と神々の王にポセイドンは海洋の王になった。しかし、ハデスはゼウスに騙されて長兄でありながら暗黒の冥界の王となっていた。やがて神々は人間を創り、彼らからの崇拝と愛を糧に不老不死を保っていた。しかし、傲慢の限りを尽くす神々に対し、ついに人間たちは反旗を翻す。

ピッピがセッテルグレーン一家の住む街にある自宅「ごたごた荘」に、ペットのチンパンジー「ニルソン氏」、飼っている馬と共に帰って来る。トミーやアンニカと出会う。船を自宅に海育ち、その怪力ぶりとホラ吹きが得意な天衣無縫の自然児である故、いわゆる"お行儀のいい子"でないピッピに振り回される周囲。しかしサーカスを見に行って狼藉者を懲らしめたり、火事の高層アパートから逃げ遅れた子を助け出したりなどの活躍を見せ、根はいい子である事が周囲に理解されるようになる。