走輔たちゴーオンジャーがガイアークとの激闘を制してから、10年。 その間、ヒューマンワールドにはかつてない平和が訪れていた。防衛大臣・野泉進一郎は“鎖国バリア”を発動し、他のブレーンワールドからの侵略を完全に遮断。さらに“Nチップ”と呼ばれる、財布・携帯・身分証を兼ねるチップを国民に無料配布し、エコで便利な社会を作り上げていた。一方、ゴーオンジャーは鎖国バリアにより、炎神たちと離れ離れになり力を失っていた。さらに、大翔が野泉に自爆テロを仕掛けたとして“戦隊 活動禁止法”が可決される。ゴーオンジャーは正義の味方から一転、悪のテロリストとして世間から恐れられる存在になってしまった……！ そんな折、彼らの前に謎の少年・走児が現れる。彼は懐にベアールVの炎神キャストを隠し持っており、そのことで特別警察に追われていた。走児を助け出した走輔たちは、国家を敵に回しての逃走劇を繰り広げる。しかし彼らの前に立ちはだかったのは、なんと、早輝だった。早輝はゴーオンジャーと決別し、政府の広報官として野泉に仕えていたのだ！ 特別警察の手を逃れたゴーオンジャーの面々は、走児がベアールVを拾ったという場所へ急行する。そこは、Nチップ研究所の目の前で……。 果たして早輝はなぜ袂を分かったのか？野泉大臣に隠された秘密とは？　世界を巻き込む大事件を前に、すべてを奪われたゴーオンジャーの運命はいかに!?

戦闘民族ドルイドンの尖兵・クレオンは、自身の隠れ家として利用できる場所を探して辿り着いた洞窟の牢屋で、異世界犯罪集団ギャングラーの残党ガニマ・ノシアガルダを発見。クレオンは牢屋から抜け出せず苛立つガニマのマイナス感情に目を付け、グリフォンマイナソーを生み出す。 その頃、リュウソウジャーのコウはパートナー騎士竜のティラミーゴと水辺で戯れていたが、些細なことで喧嘩してしまう。その直後、ティラミーゴの悲鳴を聞いて駆けつけたコウは、クレオンの手引きで牢屋を抜け出したガニマによってティラミーゴが金庫に囚われるのを目撃する。更にティラミーゴ以外にも4体の騎士竜がガニマに囚われた事を知ったコウは、合流したメルト達と共に救出を試みるが、封印した騎士竜たちの力を操るガニマに苦戦を強いられ、コウは吹き飛ばされてしまう。 ガニマに吹き飛ばされ気を失ったコウは、「探偵」を名乗る青年・夜野魁利と対面する。一方、トワとバンバはグリフォンマイナソーの行方を追っていたが、リュウソウケンを持っているところを「不審者」と見なした国際警察の朝加圭一郎と陽川咲也に逮捕されてしまう。その頃、メルトとアスナはギャングラーと戦い続けていた高尾ノエルから、ガニマが騎士竜を閉じ込めている金庫を開ける方法を訊ねる。

ケミーの捜索を続ける一ノ瀬宝太郎たちと、ふたたび出現したジャマトに立ち向かう浮世英寿たちの前に突如として現れた“レベル10の最強ケミー”《クロスウィザード》。彼の持つ不思議な魔法の力によって、桜井景和らがケミーの姿にされてしまった！さらには同時に5体もの“レベル10の最強ケミー”や、ギーツにそっくりな《ギーツケミー》も出現！相次ぐ異常事態に戸惑う宝太郎たちと英寿、そしてケミー化した景和たちは、それぞれチームを組み【最強のケミー捕獲ゲーム】に挑む！このゲームに隠された恐るべき目的とは。ギーツケミー出現の謎とは。仮面ライダーガッチャードと仮面ライダーギーツは、待ち受ける難関をクリアすることができるのたろうか……！

イギリスから名探偵エルロック・ショルメが来日した。彼の目的は全てのギャングラー犯罪の解明と、ルパンレンジャーの正体を暴くこと。そのエルロックの命を狙ってギャングラー怪人・ウィルソンが襲来、そこにルパンレンジャーまで現れ、エルロックを護衛するパトレンジャーも交えた三つ巴の乱戦に発展するが、その最中、夜野魁利 / ルパンレッドと朝加圭一郎 / パトレン1号がウィルソンによってギャングラーの世界である異世界へとさらわれてしまう。レッドと1号が消えてしまい、両戦隊は最大のピンチを迎えた。 デストラやゴーシュの猛攻から辛うじて逃げ延びた魁利と圭一郎は、異世界から脱出するため、一時休戦して手を組むことに。そして異世界の扉を開くことのできるウィルソンを捕らえるべく、ギャングラーの本拠地のドグラニオ邸に忍び込むが、そこで2人はこの事件の裏で暗躍するなぞのギャングラー怪人の存在と、その目的がレッドと1号がいなくなった残りの戦隊メンバーの殲滅であることを知るのだった。

五十嵐大二は、フェニックスの後継組織「ブルーバード」で平和維持のため日々奮闘していた。一方、同組織で隊長を務める門田ヒロミの肉体にも回復の兆しが。それは遺伝子工学の権威・市村博士の研究の成果だった。そんなとき“ギフ亡き新時代のガーディアン”を自称する組織「アリコーン」が出現。彼らはある目的のために、少年少女たちを誘拐・監禁していた。ブルーバードによる救出作戦が展開される中で、ヒロミが被害者のひとり・留美を連れ去ったと疑いをかけられ、なんと指名手配されてしまう。さらに、真相を追う大二たちの前には、ヒロミと同じ顔を持つ人物――“ムラマサ”が現れー。新たな敵と謎の“悪魔”を前に揺らぐ大二。さらに、半身であるはずのカゲロウの裏切りも――！？囚われていた少女・留美に隠された秘密……そして、ムラマサの真実とは。一年間魂のバディ関係を描いてきたリバイスの遺伝子を受け継ぐラストエピソード、開幕！！

「願えばすべて現実になる…」という不思議な赤い玉を手にした少年、新星勉。彼が夢見たことは、テレビの中のヒーロー“高山我夢”=ウルトラマンガイアに会う事だった。時空を超えて勉の前に現れる我夢。しかし、この出会いは後に起こる大事件のきっかけにすぎなかった。3大怪獣の前に最大のピンチを迎えるガイア。「世界を滅ぼしちゃいけない!」みんなの願いが一つになったとき奇跡は起きた。

誰も近寄ることの許されない“アガスティアベース ”には、 S 級の禁書があった。仮面ライダーの書、もう一つはスーパー戦隊の書。その本たちが、禁書を守る番人の裏切りによって封印を解かれてしまう。 新しい本の執筆に悩む神山飛羽真（仮面ライダーセイバー）は、ユーリ（光の剣士）の薦めで、ある本を渡される。そのタイトルは“機界戦隊ゼンカイジャー”。本を開くとあたりが光に包まれ、目を開けるとそこは、人間と機械が共存する、なんと本に書かれていた“ゼンカイジャー”の世界だった。 同じ頃、五色田介人（ゼンカイザー）の身にも同じことが起こり、辿り着いた先で倫太郎（仮面ライダーブレイズ）と出会う。しかも、現実世界と本の世界とが混ざり合っておかしな状況になっていた。 世界を元に戻すべく、飛羽真は介人と互いに協力し、この異常事態に対処するため、歴代の仮面ライダー、スーパー戦隊の力も借り、2大ヒーローたちは集結する。 なぜ世界の境界線がなくなってしまったのか。集まることが仕組まれたものとして、悪い予感を募らせる 大ヒーローたち。自分たちの存在そのものを揺るがしかねない、裏で手を引く大きな陰謀。そして、鍵を握る謎の少年との出会い。総力を結集し、己の存在を賭けて、唯一無二の、本物のスーパーヒーローになれ！！

東洋原子力研究所のバリアを破るため、ショッカーは、プロサッカー選手の野本を改造し、強力なキック力を持つ怪人トカゲロンを作り出した。アジトを突き止めたもののショッカーに襲われた滝を救おうとした仮面ライダーはトカゲロンの必殺シュートに敗北を喫する。だが、東洋原子力研究所を襲ったトカゲロンと再生怪人軍団の前に、「電光ライダーキック」を完成させた仮面ライダーが立ちはだかった。

仮面ライダー斬月：呉島貴虎がヘルヘイムの森の真実を葛葉紘汰に伝えた頃、謎のアーマードライダーがユグドラシルを襲撃する事件が発生する。 貴虎はシドと協力し捜査を始めるが、その最中、呉島家の元使用人・朱月藤果から父・呉島天樹の死を伝えられる。 仮面ライダーバロン：戦極凌馬の指示でオーバーロードを探す駆紋戒斗は、海外からやって来た自らと瓜二つの御曹司・シャプールと出会う。 戒斗を眠らせ彼に化けたシャプールが自由奔放な振る舞いで周囲を困惑させる一方で、シャプールに間違えられた戒斗は、執事・アルフレッド達に確保されてしまう。