电影系列里最可怕的敌人雪代缘在本片现身。他对东京发动大规模攻击，意在报复剑心。参与《神剑闯江湖》前几部电影的王牌演员阵容再度聚首，替剑心扛下这最后一战，同时迈向崭新的终极高峰：《The Final》。
幕末时期，时局动荡，暗流涌动。甲州武士机龙之助（仲代達矢 饰）剑术绝伦，却拥有一颗邪恶阴暗之心。在一次剑术比赛前夕，对手宇津木文之丞（中谷一郎 饰）的妻子阿滨（新珠三千代 饰）恳求他败给丈夫，甚至不惜委身于他。然而在次日的对决中，龙之助仍然以绝对优势杀死文之丞。在此之后 ，他和被休的阿滨离开甲州，浪迹江湖。两年后，他以杀手身份加入新选组，替幕府斩杀反抗义士。在此期间，文之丞弟弟兵马（加山雄三 饰）也来至江户，并拜入剑豪岛田虎之助（三船敏郎 饰）的门下，等待为兄长报仇的良机。宿命的相逢无可避免……
织田信长被明智光秀刺杀身亡数年后，伺候他的利休当上了信长的继承者丰臣秀吉的茶道首领。利休通过茶水的魅力，笼络了全国的武将，并尽其奢侈，营造了茶道最高府第，京都待庵。即侍候丰臣秀吉的主持僧侣的行宫。构筑了一个利休自己的世界。可是，美梦不长，自石田三成的势力增强以后，秀吉和利休的关系开始出现了激烈的矛盾。起初，利休心爱的徒弟宗二，因冒犯秀吉，被赶出行宫，杀了头。接着，石田三成向秀吉进谗言说“利休对出征朝鲜抱有怀疑”。正巧这时，利休在茶室见到秀吉，不慎谈到出兵朝鲜的事，更加激怒了秀吉。秀吉终于下了一道命令，令利休退出京都，并将他禁闭于大庭院。丰臣秀吉的妻子北政所给利休的妻子利木写了封信，说是利休如果肯认错，她想去乞求秀吉原谅利休。可是，利木的回信只是郑重其事地表示了感谢之外，没说别的事。丰臣秀吉见此信更加生气，命令利休剖腹谢罪。
三村新之丞（木村拓哉 饰）是名平凡的下级武士，他的工作是帮藩主试毒，备好的饭菜先由试毒者吃，确认没有不良反应后才会给主人吃。就在一次试毒中，新之丞双目失明，失去眼睛无异于废人，他的命运急转而下，幸而美貌贤惠的妻子加世（檀丽 饰）帮助下，他才重新面对生活。 但三村一家由此失去 了生活来源，在亲友建议下，为了维持生计，加世拜托上级武士岛田藤弥（坂东三津五郎 饰）向藩主求情，希望能保住一半薪俸。可岛田以新之丞的薪俸为要挟，强迫加世委身于他。新之丞得知后，无法接受事实，休掉了妻子并决定和岛田决一死战，挽回比生命更加宝贵的武士尊严。
畠山家的兄弟信纲（池内博之 饰）和直光（小栗旬 饰）自幼感情笃深，直光又与大纳言家的女儿阿古姬（柴本幸 饰）两情相悦。某年，大纳言一家染病暴亡，只留下阿古姬一人。将军敕令，畠山家兄弟如有能娶阿古姬者，将继承大纳言的全部家产。直光童年曾收盗贼樱丸（田中圭 饰）为手下，樱丸从中作梗，令信纲和直光兄弟阋墙，相互厮杀。直光混乱中抢走阿古姬，逃亡途中再次遭到樱丸暗算，随后更遇到大盗多襄丸（松方弘樹 饰）。一番拚杀，多襄丸死在直光手下，却把名号留给对方。从此，翩翩公子变成了名震四方的盗贼……
大约三百年前的元禄十五年（1702年），第五代将军网吉实行安民政策，百姓生活平稳。年轻的武士青木宗左卫门（冈田准一饰）为了寻找杀父仇人金泽十兵卫（浅野忠信饰）远离家乡，从信州来到了江户。但他剑术差矣，实际上根本无法完成报仇。 宗左卫门在一间破旧的小屋中落脚，开了家小私塾糊口度日，宗左卫门对住在对门的美貌寡妇纱枝（宫泽理惠饰）情愫暗生。后来宗左找到了金泽，然而仇人已经放下了杀人的刀，与妻儿过着普通的日子，宗左开始思考复仇究竟意味着什么。另一边，赤穗藩的武士来到这一带潜伏，伺机为含冤切腹的领主报仇。都是为了复仇的他们，会得到什么结局呢？
1865年夏的京都，德川幕府创建的法度森严的新撰组遴选新队员，下级武士田代彪蔵（浅野忠信）和美少年加纳惣三郎（松田龙平）因剑术出类拔萃被选中。初入队，加纳即出色地完成处决破坏法度的队员的命令。 队中有人传言加纳和田代是一对，同时加纳与另一队员汤泽藤次郎也保有暧昧关系，不久，汤泽被杀，几番带加纳去欢场的山崎也遭人偷袭，新撰组正负组长近藤和土方（北野武）根据现场留下的短刀将田代定为凶手，并命加纳前去讨伐田代，然而实际上，一切死亡事件都系加纳精心策划，他的美貌已经使整个新撰组陷入混乱中。
在江户时代末期黑船来到日本要求开放国家时，武州多摩百姓出身的土方岁三带着“想成为武士”的愿望，与近藤勇、冲田总司等人一起前往京都。 在德川幕府的支持下，他们组成了新选组。
日本出版界巨子角川春树亲自导演的古装战争巨制，在加拿大拍摄的外景重现了日本战国时代两军对垒的气势和格局。剧情描述上杉谦信在武将辅佐下灭兄成为越后国领袖，并以无敌的骑兵团威震四方，有"越后之虎"称号"，而在群山环绕中的甲斐国国君武田信玄同凯空窥越后国丰饶土地，施计贿赂谦信的文臣武将，谦信囚禁了叛将的妻女却不忍心取二人性命，因其笃信佛教而不忍杀戮，但命运却逼使他跟武田信玄展开长达十二年的争霸战。本片在剧情阐述方面比较复杂，对不黯日本战国历史的观从形成一个负担，但在制作上不惜工本，服装布景摄影都美仑美奂，作战场面亦精彩可观。