突如、ザンクト・ポルトにいるアメリア軍の航宙艦が攻撃を受けた。スペースコロニー国家トワサンガが、地球への帰還を目指す「レコンギスタ」作戦を開始したためだった。ザンクト・ポルトには地球内外の4勢力が集結、それぞれが権利を主張して意見を戦わせる中、アイーダは真実を求め、ベルリや仲間とトワサンガを目指すことを決意する。そして月の裏側にあるトワサンガで、ベルリとアイーダに衝撃の事実が明かされる……。

2015年、人類はこれまでに知られている最大の脅威に直面します。天使と呼ばれる謎の存在が、どこに現れてもパニックと破壊を広めます。 誰もその起源や動機を知りません。 この致命的な脅威を阻止するために、国連は秘密結社のネルフに巨大なアンドロイド、エヴァンゲリオンを作成するよう依頼しました。 庵野秀明監督の最初のエヴァンゲリオン映画の最新のビジョンを伝える新しいモンタージュを備えた新しいリマスター版。 この新しいモンタージュには、いくつかの再描画されたシーンが含まれていますが、再生セグメントはフッテージから削除され、The End ofEvangelionの最終カットに恒久的に組み込まれています。

ギターが大好きな孤独な少女“ぼっちちゃん”こと後藤ひとりは、伊地知虹夏が率いる結束バンドに加入する。人前で演奏することに不慣れだが練習に励む後藤は、仲間にギター練習を見てもらう。文化祭ライブでの演奏に向けて、彼女たちはひたむきに練習を続ける。

高校二年生と三年生の狭間である春休み。阿良々木暦は、血も凍るような美女と遭遇する。彼女は自らを、鉄血にして熱血にして冷血の吸血鬼、キスショット・アセロラオリオン・ハートアンダーブレードと名乗った。四肢を失い死に瀕していたキスショットは、暦に助けを求める。恐怖と混乱、そして葛藤の末に、暦は彼女を救うため自らの血を与え──そして次に目が覚めたとき、暦はキスショットの眷属となっていた。暦は吸血鬼から人間に戻りたいと望む。だが、そのためにはキスショットが力を完全に取り戻す必要があった。交渉人をつとめる忍野メメが間に立ち、暦は失われた彼女の四肢を奪い返すべく、吸血鬼退治の専門家三人に挑むことになる。高校生活最後の、地獄のような春休みは、このときまだ始まったばかり──