時は未来、辺り一面の荒野の中、たたずむ裸の男と女。お互い記憶も名前も覚えていなかった。遠くに巨大な都市が見える。その中の人々は、皆同じ顔をしていた。 突然吹き飛ぶ人々。その轟音の中に完全武装したPANDYとRETROがいた。 車を奪い、縦横無尽に逃げまくる！ 追いかける警官たち、壮絶なカーチェイス！！ しかし捕まり、2人は刑務所へと送られる。 その刑務所とは、二度と出られぬ月面の「DEAD LEAVES」であった。 そこで、彼女らを待ち受けるものとは一体……。

すべてが朱に染まる夕暮れ、篠原重工の天才プログラマー・帆場暎一が、バビロンプロジェクトの要となるレイバー用海上プラットホーム「方舟」から投身自殺する。その口元に嘲りの笑みを浮かべながら…。これが、すべての始まりであった。 時期を同じくして、レイバーが突如暴走する事件が多発。遂には自衛隊の試作レイバーまでが無人で暴走事件を起こす。 特車二課第1小隊は、近々正式配備される新型パトレイバー（通称「零式」）に関する研修中のため不在。単独で暴走事件の処理に追われる第2小隊の篠原遊馬巡査は、多発する暴走事件の異常性にいち早く気付いて独自に調査を始め、原因が暴走した機体すべてに搭載されていた篠原重工製の最新レイバー用OS「HOS」(Hyper Operating System)ではないかと推測する。また、同様の疑念を抱いていた第2小隊長・後藤喜一警部補は、「HOS」の主任開発者だった帆場の捜査を、本庁の松井刑事に依頼していた。 遊馬の調査の結果、「HOS」が意図的に引き起こす暴走が事件の原因で、暴走の引き金が強風によって建造物から発せられる低周波音であることが明らかとなるが、知らせを受けた警視庁上層部や政府は、有力企業である篠原重工との関係やHOSを認可した国の責任問題の隠蔽を重視し、旧OSに戻すこと（公式には「HOS」のバージョンアップと称される）で政治的決着を図ろうとする。 そしてすべての謎が解明された時、大規模な暴走の引き金となる強風=台風の接近と、その台風により大音量の低周波音を発する東京湾上の浮遊建造物「方舟」を解体するため、第2小隊は「方舟」に向けて緊急出動する。

16歳のバースディを迎えたサム。しかし姉さんの結婚式を翌日に控えた家族たちは彼女の誕生日などしっかり忘れ去っていた。朝から落ち込み気味で学校へ行ったサムだったが、片想いのジェイクには振り向いて貰えず、帰りのバスではお調子者のジムにまとわりつかれる始末。挙げ句に帰宅した家にはおじいちゃんおばあちゃんがやって来ていてイヤイヤ挨拶はしなきゃならないとは正に最悪の一日。しかしその晩は学校でダンス・パーティーが開かれており、サムもおめかしして出掛ける……。

ドナルドダックにラテンアメリカの友人から3つの誕生日プレゼントが届いた。1つめの箱からは映写機が飛び出し、寒さが苦手なペンギンの話、アラクワンをはじめとしたラテンアメリカの鳥の話、ウルグアイの少年とロバの話などをドナルドに見せる。2つめのプレゼント、飛び出す絵本からはブラジルの友人ホセ・キャリオカが飛び出し、ドナルドをバイーアに誘う。2人は小さくなって本の中に入り陽気にサンバを踊る人たちに出会う。3つめの箱を空けると、中からメキシコの友人パンチートが登場。一緒に出てきた壺を割ると、たくさんのプレゼントが飛び出す。

アルビン達シマリス3兄弟は、保護者のデイブがプロポーズするのに大反対。プロポーズを止めるためにデイブを追いかけて、はちゃめちゃな大ぼうけんがスタート!