シュレックは他の人からは怖がられている怪物である。その外見とは裏腹に本質は心の優しい彼は、人里離れた沼地で一人気楽に暮らしていた。ある日、シュレックは森の中でお調子者でおしゃべりなロバのドンキーと出会う。シュレックに怯えて逃げた兵達を見てシュレックが自分を救ってくれたと思い込み嫌がるシュレックについて行く。ドンキーのおしゃべりにうんざりしたシュレックが戻ってみると、彼の沼地には妖精やおとぎ話の主人公達が押し寄せてきていた。

旅の末、フィオナの呪いを解き、無事に結婚したシュレックとフィオナ。幸せな日々を送っていたが、ある日フィオナの両親から、結婚の祝いを行うので来る様にとの手紙が届く。嫌われるに決まっていると最初は渋っていたシュレックだが、同じく結婚したドラゴンと近頃気まずいというドンキーと共に仕方なくフィオナの故郷「遙か彼方の王国」に旅立ち、到着するもシュレックの予想通り、シュレックや怪物姿のフィオナを見た両親はびっくりし、怪物という偏見と考えが合わないことでシュレックと国王は喧嘩をしてしまう。

ピーター・バニングは40歳の企業付弁護士。妻モイラ、11歳のジャック、7歳のマギーという家族がいるが家族は仕事詰めなピーターに不満を感じている。行くと約束していた少年野球の応援もすっぽかし親子の絆はガタガタ。クリスマス休暇でバニング一家はモイラの祖母を訪ねロンドンに行く。一家はウェンディの邸宅でしばらく過ごしていたある夜、大人たちがパーティから帰ると子供たちの姿は消えドアにはジェームズ・フックからの脅迫文があった。何が起こったか見当もつかないピーターに、ウェンディが真実を告げる。ティンクが現れネバーランドに連れて行かれたピーターは子供たちを助けるために過去を思い出していく。