Den menneskefjendske trold Shrek bor alene midt i en sump, men en dag bliver han overrendt af eventyrfigurer, der er blevet smidt ud af Lord Farquards rige. Shrek aftaler med Faraquard, at han kan få lov til at være i fred, hvis han befrier herskerens udkårne, der holdes fanget af en drage. Og så drager Shrek af sted med sin følgesvend Æselet.

De nygifte trolde Shrek og Fiona bliver inviteret hjem til Fionas forældre, der er monarker i et land langt væk. Forældrene synes bestemt ikke om, at deres datter er blevet en grøn trold og at hun har giftet sig med Shrek. Derfor beslutter de sig for at skaffe sig af med gommen og sørge for at Fiona får sin tidligere yndige fremtoning tilbage.

Towani familien styrter ned på Endor. Forældrene går efter hjælp, men kommer ikke tilbage til skibet. Det viser sig, at forældrene er blevet taget til fange af den slemme kæmpe Gorax. Børnene slår sig nu sammen med de tapre Ewoks i et forsøg på at redde deres forældre. Dette udvikler sig til et spændende eventyr med magi og mærkelige skabninger.