幼い頃から兵士として戦場に送られ、心に深い傷を負った少女は手紙の代筆を始め、人々の思いを言葉にして届けてゆく。栄えあるアニメ賞を贈られた、心揺さぶる美しき物語の総集編。

「アマゾンプロジェクト」の責任者・水澤令華のもとに2年前から養子として引き取られた一人の青年・水澤悠がいた。彼も自らの変調に気付きつつあった。そしてアマゾンを狩るアマゾン、鷹山仁も独自に行動を開始していた。その男の目的は依然謎のままである…様々な思惑が錯綜する中、悠と仁の出会いによって物語は大きく動き出すのであった。

あれから5年…。トラロック事件によりアマゾン大量流出事件は終息したかに見えたが、事態は思わぬ展開を迎えていた。アマゾン狩りをしていた千翼は、アマゾンと戦う謎の少女・イユと運命的な出会いを果たす。しかし、千翼はまだ知らない、彼女はアマゾン化した父親に殺され、アマゾンとして蘇った生体兵器であることを―。

高級レストランの二人の客。フォークの汚れをボーイに注意すると、支配人が来て手厚くお詫びをされる。すると料理長が出てきて事態はますます大げさになり…。男たちが並んで訓練を受けている。指揮官は「スイカにしよう」と決心する。すると男たちは「スイカはもうやりました」とうんざりしたように答える。そこで彼は「バナナだ」と言いバナナに襲われた時の対処法を実演する...。

厳しい予選を突破し、ウインターカップ本戦出場を決めた黒子や火神ら誠凛高校バスケ部。だが初戦の相手は、「キセキの世代」のエース青峰大輝を擁し、インターハイ予選で惨敗を喫した桐皇学園。リベンジを誓う誠凛だったが、青峰の天才ぶりはさらにすごみを増し、黒子の新技も破られてしまう。これまでの努力を否定され、悔しさをにじませる黒子。そんな相棒を前に、火神は“野生”とも言える感覚を研ぎ澄まして青峰に食らいつく。

この世の何も信じることが出来ず荒れ果てた生活を送っていた今日子は、 教育実習生として赴任してきた本田勝也と出会う。 慇懃無礼でクセの強い勝也に翻弄され、次第に惹かれていく。 ところが、不良仲間との間で起きた事件をきっかけに親から勘当を言い渡されてしまう。 今まで散々好き勝手やってきた罰だ。 そう思う今日子の前に、勝也が現れて……。

「三国志」に登場する天才軍師・諸葛孔明が現代の渋谷に転生した。駆け出しのシンガーソングライター・月見英子の歌声に心を奪われた孔明は、彼女の夢をかなえる軍師になると宣言。次々と立ちはだかる壁を知略の限りを尽くして乗り越え、英子をスターダムへと導いていく。