Het visje Ponyo leeft samen met honderden broertjes en zusje in een afgesloten onderwaterwereld. Haar vader heeft deze wereld, die lijkt op één groot laboratorium, zelf gemaakt.
Wanneer er een tankwagen midden in een stad wordt opgeblazen, komt er een dodelijk virus vrij. De Bebop-crew gaat onmiddellijk achter de dader aan als ze horen dat er een grote beloning wordt uitgeloofd. De zaak wordt almaar vreemder als blijkt dat de koelbloedige Vincent Volaju - waarvan aangenomen werd dat hij al tientallen jaren dood was - de hoofdverdachte van de aanslag is...
Zijn zus schaamt zich dood voor Elwood P. Dowd, want hij heeft een onzichtbaar konijn van 2 meter bij zich, luisterend naar de naam Harvey. Daarom tracht ze hem uit de weg te houden om haar dochter aan de man te brengen.
In San Francisco heeft Jill Valentine te maken met een zombie-uitbraak en een nieuw T-Virus, Leon Kennedy volgt een ontvoerde DARPA-wetenschapper op het spoor en Claire Redfield onderzoekt een monsterlijke vis die walvissen doodt in de baai. Samen met Chris Redfield en Rebecca Chambers ontdekken ze het spoor van aanwijzingen uit hun afzonderlijke zaken die allemaal samenkomen op dezelfde locatie, Alcatraz Island, waar een nieuw kwaad zijn intrek heeft genomen en op hun komst wacht.
Batou is een levende cyborg wiens lichaam volledig door mensen werd gemaakt. Het enige 'menselijke' aan hem is zijn brein, waarin de herinneringen sluimeren van een vorig leven.
Fenton Meeks neemt contact op met de FBI om te melden dat zijn broer Adam misschien de seriemoordenaar is die zichzelf God's Hands noemt. Via flashbacks zien we de jeugd van Meeks met een vader die geloofde dat hij op een missie van God was om de demonen te vernietigen die zich in menselijke lichamen bevonden. Fenton zag zijn vader als een slechte man, terwijl Adam hem als held zag.
Detective Charlie Chan is ingehuurd om de intenties van de nieuwe vriendin van miljonair Yeung Siu Yau te onderzoeken. Tijdens het onderzoek komt hij in contact met Cecilia, politieagent en dochter van de miljonair. Al gauw vindt Charlie zich terug in een avontuur, waarbij Cecilia regelmatig een welkome ondersteuning blijkt te zijn.
Kate McKay is een zakenvrouw die niet meer gelooft in de liefde. Op een dag stelt haar ex Stuart haar voor aan zijn gast, Leopold. Stuart zegt dat Leopold een graaf is uit de 19e eeuw, die hier gekomen is door een breuk in het tijd-ruimte continuüm. Kate gelooft hier niets van, en denkt dat Leopold een acteur is die niet weet wanneer hij moet stoppen met het spelen van zijn personage.
The Lord of Darkness verzint een plan dat er voor zorgt dat het voor altijd nacht zal zijn. Daarvoor moet hij alle unicorns doden. Jack en zijn vrienden moeten de wereld redden en princes Lili uit de klauwen grijpen van The Lord of Darkness.
Tegen wil en dank wordt Sean Barker het slachtoffer van het bio-mechanische harnas The Guyver. Een jaar eerder vernietigde hij al de Cronos Corporation, dat genetisch gemanipuleerde monsters maakte, nu is The Guyver echter gebrand op het opsporen van misdadigers.