原潜USSモンタナは深海で何かに当たって座礁し、連絡が途絶える。海軍大尉コフィは捜索のため、海底油田基地ディープコアに、同基地の設計者であるリンジーとともに乗り込む。基地ではリンジーの夫バッドも働いていたが、夫妻の仲は冷え切っていた。見つかった原潜に生存者はいないが、リンジーはそこで奇妙な生命体を目撃。やがて嵐のせいで海上の基地とディープコアを結ぶケーブルが切れ、同基地の面々の生命に危機が迫る。

7月2日。何の前触れも無く世界中の上空に姿を現した直径24キロに及ぶ巨大UFO。混乱の中、元戦闘機のパイロットであるアメリカ大統領ホイットモア率いるアメリカ・サイドは、交流を求めるためUFOとの交信を試みる。が、UFOからの容赦ない攻撃が開始され…

ロシアの首都モスクワに巨大な未確認飛行物体が飛来する。ビルをなぎ倒し、多数の死傷者を出して墜落した物体は、なんと宇宙人の巨大母船だった。宇宙人との初にして突然の遭遇に市民が戸惑う中、政府は戒厳令を敷き、事態の収拾を図る。一方、軍司令官の娘ユリアは、来訪した宇宙人の技術者ヘイコンと親しくなる。宇宙人排斥の機運が高まる中、ユリアはヘイコンらが故郷に戻るため必要な物体“シルク”の探索に協力することになる。

地球や人類の文化ついての情報を電波に乗せて、宇宙人との交流を図ろうとしていたプロジェクト。それを宇宙人が受信したものの、彼らは人類からの宣戦布告だと勘違いしてしまう。「パックマン」「ギャラガ」「ディグダグ」「ドンキーコング」「スペースインベーダー」と、送られた情報からテレビゲームについて知った宇宙人たちはそれらに出てくるキャラクターに姿を変えて地球を侵攻し始める。