De Egyptische farao Seti geeft het bevel om alle Hebreeuwse baby's te verdrinken. Een wanhopige moeder plaatst haar zoon in een mandje, die terecht komt bij de koningin. Moses wordt opgevoed als een broer van de troonopvolger Ramses. Jaren later worden de broers van elkaar gescheiden wanneer Moses achter zijn ware achtergrond komt.
De zeewereld wordt opgeschrikt wanneer de zoon van baas van de onder(zee)wereld gedood wordt. De jonge vis Oscar wordt gevonden op de plek van de moord. De slimme Oscar maakt gebruik van de situatie door zich voor te doen als de held die het criminele kopstuk daadwerkelijk heeft omgebracht, maar hij komt er al snel achter dat dit de nodige consequenties met zich mee brengt.
Ratchet and Clank vertelt het verhaal van twee onwaarschijnlijke helden die proberen een verachtelijke alien, Chairman Drek, ervan te weerhouden elke planeet in het Solana sterrenstelsel te vernietigen.