De computerhacker Neo komt er achter dat het leven op aarde niets meer is dan een computersimulatie, opgezet door machines om de mensheid in bedwang te houden. Hij wordt door enkele vrijheidsstrijders uit deze "Matrix" gehaald.
Het is tien jaar geleden dat Sarah Connor het doelwit was van een moordlustige Terminator-robot uit de toekomst. Haar zoon John zal ooit de verzetsleider worden die het opneemt tegen supercomputer Skynet.
Lt. John Dunbar wordt als held onthaald nadat hij per ongeluk de troepen van de Unie naar een overwinning leidt in de Amerikaanse burgeroorlog. Hij vraagt om een positie in het westen, maar hij vindt een verlaten plek.
Tijdens een van zijn avondwandelingen maakt Tom Edison kennis met de aantrekkelijke Grace. De jonge vrouw is volledig in de war en blijkt op de vlucht te zijn voor een groep mannen die op haar hebben geschoten.
In de 23e eeuw wordt, zoals elke 5000 jaar, het leven op de aarde bedreigd. De enige die het onheil kan voorkomen is een vrouw, het Vijfde Element. Zij wordt geholpen door de taxichauffeur Corben Dallas. Samen moeten ze op zoek naar de andere vier elementen, en hierbij verschillende mensen en aliens zien te omzeilen.
In het nieuwe millennium wordt de mens geconfronteerd met de dodelijkste vijand aller tijden... een intelligent ras van buitenaardse wezens. Sommigen zijn negen meter hoog, anderen kunnen vliegen, maar allemaal zijn ze in staat om ieder levend wezen op aarde te vernietigen. Dan verschijnt de jonge Johnny Rico, een onverschrokken vrijheidsstrijder die zich aansluit bij een elite-eenheid van de infanterie.
De machines hebben de locatie van Zion, de laatste menselijke stad, gevonden. De enige hoop voor de rebellen is The Keymaker, een man met toegang tot alle deuren naar de machinewereld. Hij wordt echter bewaakt door The Twins, een gedreadlocked duo dat kan verdwijnen en verschijnen als geesten. Agent Smith kan zich inmiddels als een virus in The Matrix vermenigvuldigen, wat de zoektocht voor Neo, Trinity en Morpheus bemoeilijkt.
1999: tijdens de laatste dagen van het oude Millennium is Lenny Nero, een ex-agent, een dealer van data-discs. Deze discs bevatten opnames van herinneringen en emoties. Op een dag ontvangt hij een disc met daarop de herinneringen van een moordenaar die een prostituee vermoordt
Gigantische buitenaardse schepen komen richting de aarde, en hangen boven enkele grote steden. Nadat een poging tot communicatie met de aliens tot niets leidt, komt David Levison er achter dat de aliens in minder dan een dag aan zullen gaan vallen.
De heer Hublot is een teruggetrokken, eigenzinnig personage met OCD, bang voor verandering en de buitenwereld. De komst van Robot Pet zet zijn leven op zijn kop: hij moet zijn huis delen met deze zeer invasieve metgezel.
Terwijl het een kwestie van uren is voor de machines Zion binnen zullen dringen moeten Trinity en Morpheus op zoek naar Neo, die gevangen zit in een wereld tussen de Matrix en de echte wereld. Wanneer het gevecht tussen de machines en de bewoners van Zion begint probeert Neo definitief af te rekenen met Agent Smith.
Zed komt vanuit Amerika aan in Parijs, de stad waar hij ooit woonde. De taxichauffeur regelt een callgirl voor hem, en even later komt de mooie Zoe naar zijn hotel. Hun bed is nog warm wanneer zijn opgefokte jeugdvriend Eric binnenstormt en Zoe halsoverkop de kamer uit schopt. Eric neemt Zed mee het nachtleven in, stelt hem voor aan een paar criminele vrienden en en onthult dan zijn doel: ...
Ruim tien jaar nadat John Connor erin geslaagd is om de gevreesde Judgment Day te voorkomen, leeft hij helemaal afgesloten van de maatschappij en probeert hij zo weinig mogelijk gebruik te maken van eender welke machine.
Los Angeles, 2000. Skinner is een FBI-agent, die de dood onderzoekt van Izzy Goldkiss, de zoon van een mediamagnaat. Deze heeft zelfmoord gepleegd door van het dak van het befaamde Million Dollar Hotel te springen. Skinner maakt kennis met diverse vaste bewoners van het hotel. Maar vooral via zijn gesprekken met de verlegen Tom Tom, die verliefd is op de knappe maar introverte Eloise, krijgt Skinner de indruk dat Izzy's dood misschien toch geen zelfmoord was.