ある男と熱い夜を過ごす19歳のジェイだったが、彼は突如として彼女を椅子に縛り付けて奇妙な告白をする。それは性行為をすることで、ほかの者には見えない異形を目にするようになり、彼らに捕まると殺されてしまう怪現象を相手にうつすことができるというものだった。さらに、その相手が異形に殺されたら怪現象は自身に戻ってくるという。信じられないジェイだった。

名前を書かれた人間は死ぬという「デスノート」。その持ち主の死神リュークは、名前を書いては人間を殺すという毎日に飽き飽きしていた。そこで、代わりに人間に名前を書かせることを思い立ち、天界から人間界にノートを落とす。果たして、ノートを拾ったのは成績優秀な高校生・夜神月だった。半信半疑でノートを使った月はその威力に恐怖するが、やがて自分が理想とする社会を作るため凶悪犯の粛清を決意。人知れず犯罪者たちを死に追いやっていく。やがて月は、一部の人々から救世主キラとしてあがめられるようになる。 一方、この不可解な事件を解決するために、警察は世界屈指の名探偵Lに捜査を依頼。キラに警察の捜査情報が漏れていることに気付いたLは担当刑事・夜神総一郎の息子、月に注目する。月は捕まる前にノートにLの本名を書き殺害しようと画策。2人の熾烈な戦いが始まる。