『ここはどこ…？』――ソラが目を覚ますと、そこに広がっていたのは、ふしぎな世界…。 どうやらましろたちとはぐれちゃったみたい…。でも、そこでゆいとまなつと出会って、さらにプリムにも出会って、新しいお友達がいっぱい！なんと、プリムはキュアシュプリームに変身するよ！ ましろは、海に浮かぶ小島で、ローラやあまね、のどかと出会って、モンスターに襲われているプーカを救助！ ツバサは、さあややことは、はるかと出会って、空中庭園をお散歩！ あげはは、アスミとララとゆかりに出会うんだけど、ララとゆかりがうまくいかなくて大変！ たくさんのおともだちと出会ったけど、なぜかみんな記憶はあやふやで…。 しかも、この世界にいるのはプリキュアだけ…？ もとの世界に戻りたい！！手がかりは遠く彼方に見えるお城——。 さあ！ここから旅のはじまり！お城を目指して大冒険へレッツゴー♪

ある日、いちかの前にサクラと名乗る謎の少女が現れた。「桜が原」という異世界から来たというサクラは、鴉天狗によって連れ去られた友達の狐であるシズク、そして奪われた桜を取り戻すため、「スイーツ」「宝石」「鍵」のプリキュアを探しているという。 いちかたち『キラキラ☆プリキュアアラモード』の5人は、『魔法つかいプリキュア!』・『Go!プリンセスプリキュア』とともにサクラを助けるため、「桜が原」に向かうことになる。