Strandet i en ødelagt by opdager flokken, at det vrimler med flyvende tallerkener og rumvæsener. Men snart sker der noget endnu mere mærkeligt for Scooby og Shaggy. Begge bliver dybt forelskede. Mysteriet fører til en forskningsbase og et enormt netværk af grotter, som er gemt under byen. Vores helte, som er blændet af kærlighed, får sammen med resten af flokken et svært mysterium at opklare.

Rumkatten Jake nødlander i USA med sit rumskib og opsøger en lokal videnskabsmand for at få hjælp til at finde de 120.000 dollars, der skal til for at få repareret rumskibet. Det viser sig snart, at Jake har en evne, som mange på Jorden vil gøre hvad som helst for at få fingre i - Jake kan nemlig forudsige sportsvindere. Det bliver begyndelsen på et vildt eventyr, der for alvor tager fart, da militæret kommer på sporet af rumkatten Jake.