第25話「Air」 全ての使徒を倒したNERVに対し、サードインパクト発動を目論むゼーレが戦略自衛隊を使った武力占拠を開始する。施設が次々と破壊・占拠されていく中、シンジは戦自隊員に発見され殺されそうになるが、生きる意思を失くしていたシンジは抵抗すらしなかった。それをミサトが寸前で救出するが、移動中に銃撃に遭って負傷し、シンジにEVAで戦うよう言い残して命を落とす。 第26話 「まごころを、君に」シンジを乗せたEVA初号機を依代としてサードインパクトが始まる。これによって人類は個体の生命体としての姿を保てなくなり液化して崩れていき、その魂は「黒き月」に集められる。初号機はレイやカヲルの姿をとる巨人（第2使徒リリス）に取り込まれ、シンジはレイとカヲルに再会する。そこでシンジは人類が単体の生命となることを望まず、それぞれの個人がいる従来の世界を望みリリスは首から血を噴き出しながら倒れ崩れ落ちていく。

偶然受けた公衆電話の間違い電話から核戦争が起ることを知った青年と、それによって混乱していく町の様子を描いたパニック映画。

1959年、マサチューセッツ州レキシントンのとある小学校では創立記念日を迎えようとしていた。この小学校の生徒の一人、ルシンダの提案が評価され、みんなでタイムカプセルを埋めることになる。それぞれが思い思いに描いた『絵』をその中に閉じ込めて。50年後、それは予定通り掘り起こされた。この小学校に通う少年ケイレブは、不可解な数字で埋め尽くされた一枚の紙を持ち帰ってきた。彼の父親で宇宙物理学教授のジョンは、そこに記された数字の羅列が過去50年とこれから先に起きる未来の出来事を予言したものだと気づく。

2009年、リムジン運転手のジャクソン・カーティスは、子どもたちとの旅行を楽しんでいた。ところが、偶然湖底に沈む巨大な研究施設を発見し、地球が滅亡に向かっていることを知る。この危機から逃れる手はないものかと模索するジャクソンだったが、すでに天災は地球上の至るところで起こり始める。