Het is 2034, twee jaar nadat Motoko Kusanagi Section 9 heeft verlaten. Togusa is de nieuwe leider van een nu aanzienlijk groter team. Sectie 9 wordt geconfronteerd met een serie van ingewikkelde incidenten waar een hacker genaamd "Puppet Master" voor verantwoordelijk blijkt te zijn.
Lisbeth Salander belandt na een mislukte aanslag op haar leven in het ziekenhuis, evenals de man die verantwoordelijk is voor haar duistere, pijnlijke verleden. Ze wordt nog altijd verdacht van drie moorden en in de media afgeschilderd als een psychopathische moordenaar. Alleen Mikael Blomkvist is overtuigd van haar onschuld en doet er alles aan om dat te bewijzen.
Drie moorden, één avond. De slachtoffers zijn twee journalisten die voor Millennium werkten aan een publicatie over mensensmokkel, en de voogd van Lisbeth Salander. Op het moordwapen worden de vingerafdrukken aangetroffen van Lisbeth, maar die blijkt onvindbaar. Journalist Mikael Blomkvist, overtuigd van haar onschuld, ontdekt een verband tussen de moorden en het artikel over vrouwenhandel.
Een verslag van de radiodrama-uitzending van Orson Welles uit 1938 die onbedoeld een massale paniek veroorzaakte.
Alex, een immigrant uit Oekraïne, komt in Canada in aanraking met een online criminele organisatie. Binnen deze organisatie, Darkweb, leert Alex onder andere creditcards en geldautomaten hacken. Wanneer hij steeds meer leert en zelfs banken en de beurs weet te hacken, gebruikt Alex zijn nieuwe vaardigheden om zijn ouders financieel een handje te helpen. Wanneer zijn moeder ontslagen wordt bij de bank waar ze werkt, begint Alex zijn skills in te zetten als wapen in een vergeldingsactie tegen het volledige bankwezen.
In HACKS onderzoekt de Oostenrijkse multimediakunstenaar Christine Bader wie de computerhacker is en wat hem of haar beweegt. Is de hacker een Robin Hood in cyberspace of een anarchistische agitator? Bader spreekt met Nederlandse, Duitse en Amerikaanse communicatiefreaks die zich bezighouden met allerlei netwerkvraagstukken, zoals het internet toegankelijk maken voor individuele personen (Felipe Rodriguez, oprichter van internetprovider Xs4all), het creëren van een ontmoetingsplek in cyberspace, of het ontwerpen van een ultramodern communicatienetwerk op een 'multimedia kunstschip'. ‘Hackers hebben geen last van technische, financiële of organisatorische problemen, ze willen gewoon dingen doen’, denkt Rodriguez. Dat de technologische middelen ‘gewoon om dingen te doen’ inmiddels vrij beschikbaar zijn, blijkt uit de talloze computerinitiatieven die in HACKS voorbij zoeven.
Een onschuldige man zit vastgebonden op een stoel met een pistool tegen zijn hoofd gericht. Een videocamera neemt de beelden op. Een klok tikt af – 3,2,1 – BAM! Een wrede moord en het is allemaal te zien op internet. Eén voor één worden er op een afschuwelijke manier executies verricht door een seriemoordenaar en is het live te volgen op internet. De bevolking is geschokt, maar tegelijkertijd ook gefascineerd door de moorden. De afslachtingen worden door miljoenen mensen bekeken. NYPD agent Charlie Daines krijgt de opdracht de gevaarlijke gek op te sporen en te vermoorden.