«Interstella 5555» és la realització visual de Discovery, àlbum del grup francès de música electrònica «Daft Punk». La història es desenvolupa entorn d'un grup de pop alienígena, que és segrestat per un productor musical del planeta Terra, que pretén convertir el grup en una font inesgotable de diners per dur a terme els seus malèfics plans.

Mentre juga en una platja rocallosa, Sasuke, un nen de cinc anys, troba una peixeta de colors anomenada Ponyo amb el cap encallat en un pot de melmelada. Sasuke la rescata i li diu: No et preocupis, jo et protegiré i et cuidaré. No obstant això, el pare de la Ponyo, un bruixot que viu a les profunditats de l'oceà, l'obliga a tornar. Vull ser humana! exclama la Ponyo i, decidida a convertir-se en una nena i tornar amb Sasuke, escapa. Però no li serà gens fàcil aconseguir reunir-se amb ell.

Han passat tres anys i Batô segueix a la Secció 9. El record de la comandant Kusanagi no l'abandona. Ara ha d'investigar el cas d'una robot femenina destinada al plaer, que ha assassinat el seu propietari.