500年後の未来。無法の宇宙には同盟による統一化の波が押し寄せようとしていた。同盟に反抗する退役軍人マルコムが船長を務めるセレニティー号は、必要とあらば強盗もいとわない何でも屋。個性豊かなクルーに混じり、乗客として医師のサイモンと妹リヴァーがいるが、実はこの兄妹は同盟からの逃亡者であり、リヴァーこそ同盟によって最強の戦闘兵器に改造されていた最終兵器だった。同盟の暗殺者による追跡に、対抗勢力である“リーヴァーズ”も絡み合い、熾烈な駆け引きを展開していく。
ロバート・ネビルは優れた科学者だが、彼でさえ、その恐ろしいウイルスを食い止めるすべを知らなかった。それは誰にも封じることができず、治すこともかなわず、しかも、人間が作り出したウイルスだった。なぜか免疫があったネビルは、荒れ果てたニューヨークで――あるいは世界で――ただ1人生き残っている。この3年間、彼は毎日几帳面に無線でメッセージを流し続け、必死にほかの生存者を捜してきた。だが、確かに彼は"1人"ではなかった。ウイルスに侵され、変異した人間たちが闇に潜み、彼を見つめていたのだ。ネビルを駆りたてているのは唯一残った使命、それは、彼自身の免疫のある血液を使ってウイルスの影響を改善する方法を見つけること。しかし、彼には圧倒的多数の敵が迫り、時間は刻々となくなっていく...。
活字の存在しない未来の管理社会を描いたレイ・ブラッドベリの小説を映画化。主人公モンターグは禁止されている書物の捜索と焼却にあたる有能な消防士だったが、クラリスという女性と知り合った事から本について興味を持ち始める。やがて読書の虜となった彼の前には妻の裏切りと同僚の追跡が待っていた……。
ミュータント人類と猿類との戦争は、地球の消滅で幕を閉じた。コーネリアスとジーラはその直前に宇宙船で脱出したが、たどり着いたのは1973年の地球であった。最初はサルを好意的に受け入れた米国社会だったが、地球の未来が「サルによる人間の支配」であることが判明し、動揺が広がる。人間達はコーネリアス達を疎むようになり、2匹は命を狙われ始める。
2012年、アメリカ。孤島の刑務所ターミナル・アイランドでは、囚人がマシンガン搭載の改造車を運転するカー・レースが開催されていた。このレースは“デス・レース”と呼ばれ、通算5勝を挙げた者には自由が与えられる一方、敗者には無惨な死が訪れるという過酷なものだった。レースの模様は中継で世界中に配信され、人気を博していた。ある日、妻殺しの濡れ衣を着せられ服役することになった元レーサーのエイムズは、冷酷な女刑務所長ヘネシーから、4勝達成後に死亡した覆面レーサー、フランケンシュタインに成りすましてレースに出場するように強要される。エイムズは勝てば自由の身となり、生き別れた娘に再会できることから、レースに挑む決意を固める。
コーネリアスの語ったとおり、疫病により犬や猫は死滅し、猿が第一位のペットとなった。1991年、日々深まるサルたちの奴隷としての扱い、コーネリアスの息子シーザーの養父も同然だった人間アルマンドの死をきっかけに、シーザーは反乱を決意。高度の知能とテレパシーを武器に猿たちのリーダーとなり、ついに反乱を起こす。
たった60分で文明を荒廃させた最終戦争後の世界。残された人類は空や海、そして地を這う車輪の上に移動型の都市で創り出し、他の小さな都市を"捕食"することで資源や労働力を奪い生活している。"都市が都市を喰う"、弱肉強食の世界へと姿を変えたこの地上は、巨大移動都市"ロンドン"によって支配されようとしていた。他の都市を次々に飲み込み成長を続けるロンドンを前に、小さな都市と人々が逃げるようにして絶望的な日々を送る中、一人の少女が反撃へと動き出す。
禁断地帯を旅するテイラーとノバは、突如大きな地割れと炎に襲われテイラーは行方不明となってしまう。テイラーを追ってきたブレントの元にノバが現れ、ノバはテイラーの言付けに従い、ジーラに会うため町に案内する。ブレントはジーラ達の協力で禁断地帯へと向かうが、兵士に発見され地下に逃げ込んだ際、荒廃した地下鉄駅を見付け、未来の地球であることを知る。地下を進みニューヨークの廃墟にたどり着くと人類文明を破壊したコバルト爆弾を信仰し超能力を持つミュータント化した人類に出会う。
技術的には可能だが人間のクローン製造が6d(シックス・デイ)法によって禁じられた近未来。ある日自宅に戻ったチャーターヘリのパイロット、アダムは、そこで自分と寸分違わない男と出くわす。もちろん双子の兄弟などいない彼は、その男が自分のクローンだと確信するが、そのとき、武装した謎の一味が彼を襲う。家も家族もクローンに奪われ、理由も分からず追われる身となったアダムは、事態の全容を確かめるために奔走する。
シーザーが主導した人間への反乱は、最終的に核戦争へと発展し、地球の支配者は人間から猿に移り変わった。2003年、シーザーは原野に新たな集落を築き、人間を召使としてだが共存して暮らしていた。補佐役である人間のマクドナルドは人間と猿の対等な関係を求めるが、シーザーは過去の経緯から人間の解放に慎重な態度をとっていた。ある日、シーザーは「死んだ両親の記録が壊滅した都市に保管されている」とマクドナルドから聞き、マクドナルドとヴァージルを連れて核戦争で壊滅した都市に向かう。