米国ニュー・イングランド地方、アミティの小さな海水浴場でひとりの少女が鮫に襲われ、命を落とす事故が。警察署長のブロディは次なる犠牲者が出ぬよう、遊泳禁止を決定しようとするが、海水浴客がいなくなって町が不況に陥ることを恐れた市長の反対で失敗に。すると、今度は少年が犠牲になってしまう。ブロディは意を決して鮫を退治しようと、海洋学者フーパーや鮫狩りの専門家クイントとボートに乗り込み、海に出る。

ローズとクリストファーは、娘・シャロンの奇妙な言動に悩んでいた。ローズは、しばしば情緒不安定に陥り、何かに取り憑かれたかのように「サイレントヒル…」と謎のうめき声を発する娘に心を痛め、サイレントヒルという街が実在することを知り、治療のためにシャロンを連れてそこを訪ねることにする。しかし、サイレントヒルは30年前の大火によって多数の人々が死亡した忌まわしい場所であり、今では誰も近付かない廃墟と化した街であった。途中、女児誘拐犯と勘違いされて女性警官に追われるものの、二人とも帰り道が突如切れ無くなった街に取り残され、シャロンも後部座席から消えており、捜索、他の住人への聞き取りなど進めていくが不思議な現象に巻き込まれてゆく。

巨大人食いサメが街を襲撃してから3年。ようやく活気を取り戻したかに見えた海水浴場・アミティに、再び忍び寄る大きな影が……。海洋パニック映画『ジョーズ』のシリーズ第2弾。

億万長者の実業家ウェイランド（ランス・ヘンリクセン）は、考古学者、科学者、セキュリティのエキスパートからなる国際チームを招集し、環境問題専門家で女性冒険家のレックス（サナ・レイサン）にガイドを頼み、南極の地下深くから放出されている謎の“熱源”の調査を敢行する。そして、600mの地底で目撃したものに、彼らは興奮し、次に恐れを抱く。彼らが発見したのは、アステカ、エジプト、カンボジアの各文明が交じりあった巨大なピラミッドだった。ピラミッドの内部に様々な部屋を見つけ、その進んだ技術が数千年前から地球外文明の影響を受けてきたことが明らかになる。 そのとき突如、部屋の壁が動いて閉じこめられただけでなく、その動く壁の迷路によってチームのメンバーは分断されてしまう。部屋から部屋へと移動しているうち、象形文字からついに恐ろしい真実が明かされる。プレデター種族は、100年周期で生きたまま凍らせたクイーン・エイリアンに卵を産ませ、若いプレデターの戦士は、生まれたエイリアンと対決する試練を受ける。この信じがたい成長の儀式――エイリアン対プレデターの戦いの真っ直中に、レックスたちは足を踏みこんでしまったのだ、生け贄として……。