好奇心旺盛な少年アーサーは、家が立ち退きの危機にあることを知る。4年前、冒険家の祖父が突然失踪し、借金の返済が滞ったのだ。最後の頼みは祖父が裏庭に埋めた宝物のルビーだけだが、見つける術はない。だが、アーサーは祖父の部屋から宝の地図を発見。ルビーを手にするには体長2ミリというミニモイ族の協力が必要だと突き止める。暗号を解いたアーサーは秘術によって小さくなり、裏庭の地下にあるミニモイ族の世界へ旅立つ。

チキン・リトルは内気でさえない男の子。空から奇妙なかけらが落ちてくるのを目撃するが、町の人々は彼をウソつき少年としてトラブルメーカー扱い。尊敬する父にも信じてもらえなかったことで、ますます自信を失うリトル。そんな時、彼は再び“空のかけら”を発見。変わり者の仲間たちとかけらの正体を追うリトルは、なんと大きな宇宙船に遭遇。かけらは宇宙船のパネルの一部で、やがて宇宙船団が出現し、町は大騒動に陥る。