大学院で人間の瞳について研究している青年イアンは、仮装パーティで出会った女性ソフィに惹かれ、写真に写った仮面の奥の瞳だけを手がかりに彼女を探し出す。2人は恋に落ち結婚を決めるが、ある悲劇が彼らを襲う。数年後、研究者として成功を収めたイアンは、同僚の女性カレンから瞳に関する衝撃的な事実を告げられる。

ジャングルの奥深くで動物たちに育てられた少年が、傍若無人な天敵と自分と同じ種である人間に立ち向かう。恐れを乗り越え運命をつかんだその姿は、まさに真の勇者。

ある夜、プリンストン大学で教諭をする地球外生物学者、ヘレン・ベンソン博士の自宅にアメリカ政府のエージェントが突然やってきた。強制的にある非常事態への協力を求められたヘレンは1年前に他界した夫の連れ子であるジェイコブを隣人に預け、あわただしく公用車に乗り込む。すでに政府は軍を総動員出動させ警戒態勢を敷き、町は異様なまでに静まり返っていた。政府がヘレンのほかに核物理学・天文学・地質学などの権威を招集したのは、木星の外側で観測された謎の物体への対策を講じるためだった。小惑星と思われるその物体は想定外の進路を信じがたい速度で移動し、マンハッタンへと迫っているのだった。