Kota manusia Zion mempertahankan diri dari invasi besar-besaran mesin saat Neo berjuang untuk mengakhiri perang di front lain sekaligus melawan Agen Smith.
Agen khusus Orson Fortune dan tim operasinya merekrut salah satu bintang film terbesar Hollywood untuk membantu mereka dalam misi penyamaran saat penjualan teknologi senjata baru yang mematikan mengancam akan mengganggu tatanan dunia.