De machines hebben de locatie van Zion, de laatste menselijke stad, gevonden. De enige hoop voor de rebellen is The Keymaker, een man met toegang tot alle deuren naar de machinewereld. Hij wordt echter bewaakt door The Twins, een gedreadlocked duo dat kan verdwijnen en verschijnen als geesten. Agent Smith kan zich inmiddels als een virus in The Matrix vermenigvuldigen, wat de zoektocht voor Neo, Trinity en Morpheus bemoeilijkt.

1999: tijdens de laatste dagen van het oude Millennium is Lenny Nero, een ex-agent, een dealer van data-discs. Deze discs bevatten opnames van herinneringen en emoties. Op een dag ontvangt hij een disc met daarop de herinneringen van een moordenaar die een prostituee vermoordt

Terwijl het een kwestie van uren is voor de machines Zion binnen zullen dringen moeten Trinity en Morpheus op zoek naar Neo, die gevangen zit in een wereld tussen de Matrix en de echte wereld. Wanneer het gevecht tussen de machines en de bewoners van Zion begint probeert Neo definitief af te rekenen met Agent Smith.

THX-1138, LUH-3417 en SEN-5241 proberen te ontsnappen uit een futuristische samenleving die zich onder de oppervlakte van de aarde bevindt. De samenleving heeft seks verbannen en gebruikt drugs om de bevolking te controleren.

Het is 2079: de aarde is al meer dan een decennium in oorlog met buitenaardse wezens. Spencer Olham is een wetenschapper wiens laatste werk waarschijnlijk de planeet zal redden. Plotseling wordt hij er echter van beschuldigd een buitenaardse spion te zijn, en wordt hij het middelpunt van een grote klopjacht.

De muis, die het beu is om door de kat achtervolgd te worden, overtuigt hem ervan dat er geen reden voor is, en dat de kat met de hond moet praten en hem ook moet overtuigen. De gesprekken zijn niet succesvol...