海賊船メガファウナに乗り、ジット団を追うベルリ・ゼナムたち。その間に、キャピタル・アーミィ、アメリア軍、ドレット艦隊がカシーバ・ミコシの付近で激しい戦闘を繰り返したことで、地球圏の戦況は一変してしまっていた。戦争が生む悲劇や憎悪を失くそうとするベルリだが、キャピタル・アーミィとジット団の共闘、アメリア軍とドレット艦隊の連帯によって、宇宙戦艦をも撃沈する破壊力を誇るモビルスーツ群が次々と戦場に投入され、やがて戦いの場所は大気圏内に移っていく。

ギターを愛する孤独なぼっちちゃんこと、後藤ひとりは、極度の人見知りだった。彼女は家でひとりきり、ギターを弾く日々を送っていたが、伊地知虹夏がドラムを務める結束バンドに加入する。人前で演奏することに不慣れだった彼女は、徐々に変化を見せ始める。

資源の枯渇した地球を救うエネルギーである「フォトン・バッテリー」。地球では製造することのできないエネルギー装置の供給源へ向かうため、地球圏を離れたベルリ・ゼナム、アイーダ・スルガンらが乗艦するメガファウナは、ついに目的地である金星宙域にあるビーナス・グロゥブに到達する。地球への帰還＝レコンギスタ作戦を目論むジット団との戦いを経て、アイーダは、「フォトン・バッテリー」の生産と供給を独占している団体「ヘルメス財団」のラ・グー総裁との会談の機会を得る……。