トーマス・アンダーソンは、大手ソフトウェア会社に勤めるプログラマである。しかし彼には天才ハッカー、ネオというもう一つの顔があった。ある日、彼はとある人物から連絡を受け、警察に追われる。そして彼から衝撃的な世界の真実を告げられた。

妊娠を機に殺し屋稼業から足を洗ったザ・ブライドは結婚式のリハーサルの最中、属していた組織のボスであるビルとその配下である4人の殺し屋から襲撃を受ける。婚約者である夫を殺され、妊娠していた彼女も凄惨なリンチにより、4年間の昏睡状態に陥るほどの重傷を負わされる。昏睡から目覚めたザ・ブライドは、ビルと4人の殺し屋への復讐に向けて動き始める。

紀元前200年、戦乱のさなかの中国。後に始皇帝となる秦王のもとに無名と名乗る男が拝謁を願い出る。彼は中国全土で最強と評判の暗殺者3人、長空、残剣、飛雪を自らの手で倒したと語り、それぞれが所有していた自慢の武器を証拠として持参していた。暗殺者たちを恐れる秦王は、100歩以内の距離に誰も近づけようとしなかったが、無名にはもっと近くまで寄ることを特別に許し、それらの対決の歴史を詳しく語るよう彼に命じる。

剣の英雄たちが群雄割拠する時代。天下の名剣“グリーン・デスティニー”の使い手としてその名を轟かせる英雄リ－と女弟子ユーは、心惹かれ合いながらも長い間人々のため正義に生きてきた。リーは剣を置く決意をしてグリーン・デスティニーをユーに託し、依頼されたティエ氏に無事剣を届けたユーは、そこで貴族の娘イェンと出会う。その夜、グリーン・デスティニーが何者かに盗まれ、ユーはイェンを疑い彼女の家を訪ねる。

ミスター・ハンが3年に1度開催する武術トーナメントへの招待を受けた少林寺の高弟リーは、国際情報局のブレイスウェイトに犯罪組織の疑いが高いハンの島の内偵を依頼される。準備の為に一度帰郷したリーは家人から、数年前ハンの屈強な手下オハラの仲間達によって追い詰められた姉スー・リンが自害を遂げた事を聞き、ハンへの復讐を誓う。

人類の最期の砦「ザイオン」に残されたのは72時間。それを過ぎれば25万のセンチネルに襲われるだろう。しかしモーフィアスの信念は堅い。オラクルによればネオがこの戦争に終止符を打つ。一方のネオはヒントを得るためオラクルに会いに行く。

昏睡状態のネオはマトリックスとソースの狭間に捕らえられていた。ネオを信じるトリニティーらは彼を救出する。一方スミスは新たな段階へと進む。その間もザイオンにはセンティネルが近づきつつあった。

新世界にエボルトの兄であるキルバスが襲来し、かつてエボルトに奪われたパンドラボックスを取り戻そうとする。その最中で、猿渡一海 / 仮面ライダーグリスたちはかつての記憶を取り戻すが、万丈龍我 / 仮面ライダークローズの前にクローズの記憶を持つ馬渕由衣が現れる

北のある国で人間に改造手術と洗脳を行い、無敵の戦士を作り上げるプロジェクトが進行していた。彼らは“701部隊”と呼ばれたが、政府は実験の中止を決定、彼らの抹殺を目論む。しかし、唯一洗脳を免れたブラック・マスクはこの謀略を察知し脱走に成功する。香港で平穏な生活を送る彼だったが、やがて何者かに命を狙われるようになり、黒ずくめの怪人ブラック・マスクとなって対決するのだった。