'Belle Reve' is de gevangenis met het hoogste sterftecijfer in de VS waar de allerergste superschurken gevangen zitten. Zij doen er dan ook alles aan om hun vrijheid terug te winnen, zelfs al moeten ze zich daarvoor aansluiten bij de ultrageheime en dubieuze 'Task Force X'. Ook dit keer is het weer alles of niets voor een bonte verzameling slechteriken. Zwaarbewapend worden ze op Corto Maltese gedropt, een afgelegen eiland, waarbij ze door een jungle vol militanten en guerrillatroepen moeten trekken om hun vernietigingsmissie te voltooien.
Lilo, Stitch en hun Ohana hebben zich weer gesetteld na hun laatste avontuur, totdat er zich een probleem voordoet. Stitch krijgt namelijk een "Glitch", hierdoor daalt zijn goedheidsniveau, dat ooit zo hoog was, aanzienlijk en nu wordt Experiment 626 weer slecht. En dit heeft meer invloed op zijn Ohana dan eerst zou lijken...
Lilo, Stitch, Jumba en Pleakley krijgen alle vier een beloning voor het vangen van de 624 experimenten van Jumba. Deze beloning houdt wel in dat de groep uit elkaar zal vallen. Dr. Jacques von Hamsterviel profiteert hiervan en bouwt experiment 627, oftewel Leroy. Leroy's missie is om alle experimenten uit te schakelen, zodat Hamsterviel zijn grote wraak krijgt.
In New York vinden buitenaardse wezens, die in heel kleine ruimteschepen naar de aarde zijn gekomen, in de hersens van mensen een stof die tijdens een orgasme vrijkomt. Deze stof blijkt dezelfde werking te hebben als heroïne.
De familie Pearson wil een weekend weg en besluit hun vakantiehuis weer eens op te zoeken. Ze ontdekken echter dat deze is overgenomen door aliens. De tienerdochter Bethany ontdekt al snel dat ze alles op alles moeten zetten om te voorkomen dat deze aliens de wereld zullen overnemen.
Drie nog jonge broers hebben tegen de zin van hun vader hun hele leven al ninja-trainingen gekregen van hun Japanse grootvader. Wanneer een voormalige leerling van hun opa, die zijn ninja-opleiding voor slechte doeleinden gebruikt, door hun vader in het nauw wordt gedreven wil hij hen laten kidnappen. Nu moeten de jongens hun speciale technieken inzetten om zich te verdedigen.
Het verhaal speelt zich af in een buurt in Chicago. Het is bijna een decennium geleden dat een buitenaardse kracht het gebied heeft weten te bezetten. De film werpt een blik op de levens van beide partijen uit het conflict, de bondgenoten en de verzetsstrijders.
Een groep schoolvrienden gaat naar een afgelegen hut in het bos voor een weekendje feesten. 's Nachts zien ze plots een vreemde vuurbal die uit de lucht valt. Ze rijden naar de plek toe en ontdekken het wrak van een neergestort vliegtuig en een stel onheilspellende voetafdrukken die vanuit het vliegtuig de bossen in leiden. Wanneer ze vanuit alle hoeken aangevallen worden door ongewenste, wraakzuchtige bezoekers verschansen ze zich in de hut, barricaderen ze ramen en deuren en proberen ze de nacht te overleven.
De carrière van de universiteitsprofessor Miranda Hollander is in gevaar nadat zij op een mysterieuze wijze een blackout heeft gehad, wat haar een verdachte maakt in een verschrikkelijke moord. Slechter nog, zij ontdekt van haar oom dat zij een half-mens en kloon van een half buitenaards wezen is. Zoekend naar antwoorden in Mexico, beginnen de twee een gevecht tegen de hybridisch wezens zoals Miranda zelf.
Een stukje staart van een prehistorisch monster wordt opgegraven tijdens het mijnen van koper. Het stuk wordt naar Kopenhagen gestuurd, waar professor Martens, die het onderzoek leidt en experimenteert met DNA, ontdekt dat het monster kan regenereren. Al gauw heeft het zijn ware grootte en ontsnapt het...