「剣心にとって最も大事なエピソード。これをやらずに、るろうに剣心は終われない」と覚悟を決めた製作陣が挑んだファン待望の最終章！ 剣心に復讐するため、東京を総攻撃するシリーズ最恐の敵・縁。 これまでのるろ剣オールスターが集結し、剣心のため、新時代のため、最後の戦いへ挑む究極のクライマックス「The Final」。 さらに、戦いの理由は幕末へと遡り、剣心の頬に刻まれた〈十字傷の謎〉に迫る「The Beginning」へと続いていく。「The Final」で明かされる、剣心が斬殺した妻・巴の存在。 剣心はなぜ〈不殺の誓い〉を立てたのか？そして剣心はなぜ妻を斬殺しなければならなかったのか？

人気推理作家テスは、講演旅行の帰りに山道で車がパンク、立ち往生するはめになった。携帯電話も通じず、通り掛かったトラックに助けを求めるが、親切そうに見えた巨漢のドライバーはやがて本性をあらわにして彼女を暴行し下水管にうち捨てる。そこには他にも女性の遺体が複数あり、テスは男が罠を仕掛けて暴行殺人を繰り返してきた異常犯罪者と知る。辛うじて逃げ延びた彼女は、悪夢を消し去るため男への復讐を誓う。

高校生の成田初(堀未央奈)は、優しい兄の凌(間宮祥太朗)、元気な妹の茜、そして両親と一緒に生活していた。ある日、彼女は同じマンションに住んでいる幼なじみの橘亮輝(清水尋也)に弱みを握られてしまう。彼からの命令に振り回される中、数年前に引っ越したもう一人の幼なじみで人気モデルの小田切梓(板垣瑞生)が戻ってくる。やがて初と梓は恋人同士になる。