ケータたちが暮らすさくらニュータウンに、空飛ぶ巨大クジラが出現。クジラの発した大きな声と共に、ケータや妖怪たちは実写の世界へやって来てしまう。髪を引っ張ってみると痛みを感じ、手にはしわ、さらには肌には毛穴まで見え、ジバニャンたちも困惑する。ケータたちはアニメと実写の世界を行き来しながら、その原因を探ろうと奔走する。

ニューヨークに住むフィルとクレアのフォスター夫妻は平凡な生活を送る退屈なカップル。2人はいつものように週末のディナーを楽しもうとマンハッタンのビストロに行くが、店で予約の名前をごまかして席に着いたことから2人組の男たちから追われる羽目に…。

夫のガブリエルは著名な物理学教授で妻マリカは芸術家。二人は９歳の息子エロルと共に幸せな家庭を築いていた。ある日、学会に出掛けたガブリエルが、突如何の痕跡も残さず地球上から消えてしまう。ガブリエルの失踪は、マリカを憔悴させ、21歳になったエロルは、祖父でありガブリエルの師であるサルの元で物理学を学び始める。そして、サルが発見したガブリエルの研究ノートから、彼がタイムトラベルを研究していたという驚愕の事実を知ることになる。 エロルは危険を顧みず、父と再会するためタイムトラベルに挑む。

「APPLESEED」（2004）、「エクスマキナ」（07）と2度にわたって映画化もされた士郎正宗の人気コミックを、新たに全13話でアニメーション化。そのストーリー後半をリミックスして製作した劇場版。巨大人工都市オリュンポスの治安を守るES.W.A.T.隊のデュナン・ナッツとブリアレオスの遭遇した事件を先導していたのは、かつての友人ディアだった。技術国家ポセイドンからの独立を宣言し、テロを敢行しようとしていたディアの目論見はすんでのところで阻止され、オリュンポスは平穏を取り戻したかのように見えた。しかし、デュナンとブリアレオスの前に再びディアが現れ……。

医療革命後の昭和111年の東京。人間は体内の“ナノマシン”とその管理を請け負う“ネットワーク”が管理する“S.H.E.L.L.”体制に支配されていた。その結果、病気にならず、傷の治療もいらず、120歳の寿命が保障されるが、その極端な社会制度によって経済格差を含むさまざまな問題が起こっていた。