すでに引退した世界一のハッカー「スタンリー」のもとにはジンジャーと名乗る美女が現れ、麻薬取締局が行った極秘作戦「ソードフィッシュ」によって利用したダミー会社の資金、95億ドルをコンピュータ操作で奪おうと持ちかけてくる。
南極にある皇帝ペンギンの国“エンペラー帝国”。彼らにとって何より大事なことは、自分だけの“心の歌”を見つけること。ところがマンブルは筋金入りの音痴で、小学校では幼なじみのグローリアが美声を披露するのとは対照的に調子外れな音程で大非難を浴びる始末。その代わり生まれつきタップダンスが得意なマンブルは、アデリー・ペンギンの5人組“アミーゴス”に踊りを絶賛され意気投合。しかし、そのダンスが帝国に災いをもたらすと判断した長老の命令でマンブルは追放の身に。さらに、ペンギンの食糧となる魚を乱獲する人間たちを説得しに向かった彼は、挙句に捕らえられてしまう。