世界各地で原因が判らぬまま死体が蘇り、生きている人間を襲って食べる現象が蔓延し次第に社会は大混乱していく。アメリカ地方テレビ局のスティーブンとフランはこの状況から都市部を脱出する事にした。友人のSWAT隊員ロジャーと同僚ピーターと共にヘリコプターで人の少ない田舎を目指すが、途中孤立したショッピングモールに立ち寄る。何でもそろっているショッピングモールは隔離して中のゾンビを駆除してしまえば安全と思われ、出入り口を閉鎖し快適な空間へ作り変えていく。そんな中、暴徒と化した暴走集団がショッピングモールに目をつけ襲撃してくる。暴動集団の無計画な襲撃をやり過ごす中、ゆっくりとだが群がるゾンビが彼ら人間を確実に取り囲んでいく。

看護師アナは夫と暮らすがある朝、怪物のように変貌した隣家の娘に襲われ、夫は命を奪われる。しかも夫は直後、怪物のようになって生き返る。同じころ町では原因不明だが、次々に死者たちがゾンビになってよみがえり、市民を襲っていた。家を後にしたアナは麻薬の売人アンドレなどの生存者たちと出会いながら、あるショッピングモールに到着。モールにはゾンビたちも侵入できず食料も十分だったが、そこもゾンビの群れに襲われる。

1966年、秋。ベトナム戦争最中の、日本の中のアメリカ——米空軍・横田基地。ファントムF4戦闘機があわただしくスクランブル発進する基地周辺を殺伐とした空気が包む中、街では不審な自殺が相次いでいた。 地下鉄・銀座線、浅草行最終列車。殺風景な車両にたたずむひとりの少女。大人をも射すくめる強い眼差しと、堅く結ばれた唇が秘めた意志を物語る──彼女の名は小夜（SAYA）。人間社会に身を潜めた吸血鬼＜翼手＞を倒すため、「組織」が送り込んだ救世主。セーラー服に身を包んだ小夜は、日本刀を武器に基地内のアメリカンスクールに潜入したが……。