Hellboy, pacarnya yang pirokinetik, Liz, dan empati akuatik, Abe Sapien, menghadapi pertempuran terbesar mereka saat seorang pangeran peri dunia bawah berencana untuk merebut kembali Bumi demi kerabatnya yang ajaib. Bosan hidup dalam bayang-bayang manusia, Pangeran Nuada mencoba membangkitkan kekuatan kuno mesin pembunuh, Golden Army yang sangat kuat, untuk membersihkan jalan bagi makhluk-makhluk fantasi agar bebas berkeliaran. Hanya Hellboy yang dapat menghentikan pangeran kegelapan dan mencegah pemusnahan umat manusia.

Bruce Banner, seorang peneliti genetika dengan masa lalu yang tragis, menderita paparan radiasi besar di laboratoriumnya yang menyebabkan dia berubah menjadi monster hijau yang mengamuk saat dia marah.