Sonatine speelt zich af in de wereld van Yakuza, de Japanse onderwereld. Hier heeft Murakawa de reputatie een van de hardste en gewelddadigste gangsters van Tokio te zijn. Hij wil gepast afscheid nemen met een laatste eervolle opdracht.
Op de drukke zwarte markten van het naoorlogse Japan bevinden Shozo Hirono en zijn vrienden zich in een nieuwe oorlog tussen de ambitieuze yakuza.
De onzekere killer Hanada, derde op de yakuza-ranglijst, wil zich na een verprutste klus revancheren op 'Het Spook': de gevreesde 'Nummer Een' die zich zó op de achtergrond houdt dat sommige collega's betwijfelen of hij echt bestaat.
Een rijke Mexicaanse grondbezitter looft een premie uit van een miljoen dollar voor het hoofd van Alfredo Garcia, omdat deze zijn dochter verkracht heeft. Barpianist Bennie en zijn liefje Elita beginnen een speurtocht...
Kim In-nam is een huurmoordenaar die net zijn laatste klus afgerond heeft; hij heeft de Japanse gangster Koraeda uit de weg geruimd. Hij gaat vervolgens naar Thailand, om een ontvoeringszaak die aan hem gelinkt is, op te lossen. Daar ontmoet hij Yoo-Yi, die hem gaat helpen bij deze zaak. Opeens wordt Kim In-nam opgejaagd door een man die hij uit een verleden kent...
In een stadsdeel van Los Angeles, genaamd 'Little Tokyo', zwaait de keiharde Yakuza baas, Funekei Yoshida de scepter. Hij is meedogenloos voor mensen zijn die niet naar hem willen luisteren. Zijn wil is wet. De undercover politiemannen Chris Kenner en Johnny Murata willen een einde maken aan Funekei's schrikbewind. Beide zijn gespecialiseerd in de oosterse vechtkunst, de Japanse taal en gewoontes. Toch blijft het een levensgevaarlijke klus die ze moeten klaren.
Voormalig sheriff en beroepsboer John Landsburg komt behoorlijk in de problemen. Hij krijgt te maken met vervelende federale bureaucratie wanneer zijn oude aartsvijand Tap Peterson op de proppen verschijnt.