Ruka is een jong meisje wiens ouders gescheiden zijn en wiens vader in een aquarium werkt. Wanneer twee jongens, Umi en Sora, die door doejongs in de zee zijn opgevoed, naar het aquarium worden gebracht, voelt Ruka zich tot hen aangetrokken en begint ze te beseffen dat ze dezelfde soort bovennatuurlijke verbinding met de oceaan heeft als hen. De speciale kracht van Umi en Sora lijkt verband te houden met vreemde gebeurtenissen die steeds vaker voorkomen, zoals het verschijnen van zeedieren ver van hun thuisgebied en het verdwijnen van aquariumdieren over de hele wereld.

Een ruimteschip dat terugkeert van de eerste bemande vlucht van Venus, crasht in zee en bevrijdt een klein monster dat toevallig aan boord was gekropen. Het monster blijkt echter een gevaarlijke Ymir te zijn, en als het beest volwassen is geworden, dreigt het Rome aan te vallen.

Nadat een oude boom uit zijn achtertuin wordt weggehaald, ontdekt Glen dat de overgebleven kuil mysterieuze krachten herbergt. Samen met zijn geflipte vriend Terry komt Glen erachter dat de kuil een 'Poort van de Hel' is. Wanneer zijn ouders er een weekendje tussenuit gaan, opent Glen per ongeluk de poort waarna hun hele huis binnen de kortste keren krioelt van de monsters, spoken en demonen.