에볼리안과의 싸움이 끝나고 평온한 나날을 보내던 료우가 일행 앞에 새로운 위협이 나타난다. 20년 만에 폭룡 체인지해 싸우는 이들이지만 세상으로부터 그 행동은 야만적인 파괴행위로 간주되고 만다. 레이와의 세상, 그들의 정의는 시대에 뒤떨어진 히로이즘인가?

수만년동안 태평양에 잠들어있던 고질라가 핵폭탄 실험으로 인해 깨어나 선박들을 납치한다. 이어 고질라는 도쿄까지 상륙하지만, 핵실험의 영향으로 괴력을 갖게 된 고질라에게는 어떤 최첨단 무기도 통하지 않는다. 도시는 고질라가 내뿜는 방사능와 불길에 휩싸여 초토화되지만, 손쓸 방법이 없어 많은 희생자들이 발생한다. 이 고질라를 쓰러뜨릴 에너지인 오키시젠 디스트로이어를 개발한 과학자 세이자와 다이스케는 그 방법을 알리길 거부하고, 희생자는 점점 늘어만 가는데...

런던에서 음반사에 다니는 다니엘은 잉글랜드 콘월 지역에서 어부들이 부르는 노래를 듣게 된다. 다니엘은 이들과 음반 계약을 맺기 위해 바닷가에 머무르는데, 명성이나 돈보다 우정과 공동체를 중시하는 어부들의 가치관에 감명을 받고 그들과 친구가 된다. 그러나 이들의 뱃노래가 음반으로 나오기까지는 여러 난관이 기다리고 있다.

불분명한 시기, 어느 해 5월. 화성인이 지구에 나타난다. 세계 평화 유지와 자유 진영의 지도자임을 자청하는 미국 대통령 제임스 데일은 이들은 맞을 채비를 한다. 그러나 평화를 원한다던 화성인들은 네바다 사막에서 대기 중이던 지구의 환영단 케이시 대장을 비롯한 환영인파를 무참히 사살해버린다. 이러한 사태의 원인이 커뮤니케이션의 문화적 차이라고 판단한 제임스는 화성인과의 재교신을 시도한다. 이 교신에서 화성인들이 공식적인 사과문을 보내오자 제임스와 각료들은 기뻐하지만....