In 1944, na de zege van Franco, verhuizen de 12-jarige Ofelia en haar zwangere moeder naar een landelijk gebied in Noord-Spanje, waar ze bij Ofelia's strenge en keiharde stiefvader Kapitein Vidal komen wonen.
De slechte heerser van Duloc (de kleine Lord Farquaad) heeft alle sprookjesfiguren uit zijn land verbannen. De figuren, inclusief een praatgrage ezel, vluchten naar het moerasland van de oger Shrek, die erg op z'n privacy gesteld is.
Na teruggekeerd te zijn van hun huwelijksreis horen Shrek en Fiona dat haar ouders van het huwelijk gehoord hebben. Ze willen niets liever dan haar ware liefde te ontmoeten in hun koninkrijk Far Far Away. Ze zijn zich echter niet bewust van de veranderingen die hun dochter onlangs ondergaan heeft. En dat hun nieuwe schoonzoon een 350 kilo zware Ogre met een slechte hygiëne is en een pratende ezel als vriend heeft.
Tessa Golden wordt gedwongen om de assistent te zijn van haar stiefmoeder en haar stiefzussen wanneer zij auditie doen voor de rol van Assepoester in een musical. Maar Tessa vermomt zich en krijgt de rol, zelfs wanneer ze haar sportschoen verliest.
Sterke Hans en prinses Sara zijn al sinds hun kindertijd bevriend. Hans wil nu het dorp verlaten om de wereld te ontdekken, maar wanneer prinses Sara het bos ingaat om uit te zoeken waarom het dorp geen water meer krijgt uit de bron, besluit hij haar achterna te gaan. Het bos wordt bewaakt door de Hoedster van de Zwerkgeesten, en zij doet er alles aan om haar bos vrij te houden van mensen.