砂漠の真ん中に聳え立つ孤城に、ひとりの王が住んでいた。その名も、国王シャルル5＋3＋8＝16世。わがままで疑心暗鬼の王は、手元のスイッチ一つで、気に障る臣下を次々に「処分」していった。 望みさえすれば、なにものでも手に入れることが出来るはずの王シャルルは、ひとりの美しい羊飼い娘に片思いをしている。 城の最上階に隠された秘密の部屋の壁に掛かった一枚の絵の中にその娘はいて、隣合わせた額縁の中の煙突掃除屋の少年と深く愛し合っていた。 嫉妬に狂う王を後に、ふたりは絵の中から抜け出し、一羽のふしぎな鳥の助けを借りて城からの脱出を試みる。

ヴィクトリア朝時代のロンドン。母を亡くして悲しみに暮れる少女クララは、クリスマスに母の形見の卵型の箱を贈られたが、それを開く鍵は見当たらなかった。そんな中、名付け親のドロッセルマイヤーが主催するパーティーに家族で参加したクララは、贈り物として箱の鍵を見つけるが、手にする前にネズミに奪われてしまう。ネズミと鍵を追うクララは、いつしか不思議な世界へ迷い込む。そこは、亡き母が創り上げた秘密の王国だった。

第2次世界大戦下のロンドン。児童養護施設に暮らす少年ピーターは、しばしば子どもたちが姿を消すことを不審に思っていた。ある日、彼は空飛ぶ海賊船が子どもをさらっていた事実を知るが、自身も連れ去られてしまう。たどり着いたのは不思議な世界ネバーランド。そして海賊の長、黒ひげはその世界を支配しようとたくらむ悪党だった。やがて、謎の青年フックとともに脱走したピーターは、先住民の集落へと逃れる。