Aliens hebben alle monsters van het beruchte Monster Island vrijgelaten en maken van hun uitzonderlijke krachten gebruik om alle grote wereldsteden te vernietigen. Alleen het super-geheime ruimteschip X2 kan de aliens vernietigen en Godzilla, Rodan, Mothra, Angilas en Minya weer gevangen nemen.
Een taxichauffeur zit vast in een tijdlus. Hij pikt 's nachts een mooie vrouw op in een landelijke omgeving. Later verdwijnt ze. De lus begint opnieuw, wanneer hij de meter weer op nul zet.
Enkele jaren na de gebeurtenissen uit de eerste film is het Jaegerprogramma ten prooi gevallen aan corruptie en zijn de massavernietigingswapens in verkeerde handen gevallen. De machine Gipsy Avenger is hiervan een voorbeeld.
Na een auto-ongeluk lijdt Dan Merrick aan geheugenverlies. Hij komt er weer achter dat hij getrouwd is met Judith, die hem helpt om zijn geheugen terug te krijgen. Dan heeft last van flashbacks omtrent gebeurtenissen waar hij niets van kan herinneren. Dan ontmoet hij Gus Klein, die hem al kende voor het ongeluk. Klein helpt hem om meer van Dans verleden te weten te komen en om te achterhalen wie hij nou eigenlijk is.
Steve verhuist met zijn ouders en zus vanuit Chicago naar het idyllische plaatsje Cradle Bay. Al snel valt hen op dat iedereen op zijn nieuwe school zich weliswaar heel voorbeeldig, maar tevens erg vreemd gedraagt. De drie magische woorden: seks, drugs, en rock 'n roll, die op vrijwel iedere andere tiener grote aantrekkingskracht uitoefenen, lijken niemand hier wat te interesseren. Met name de groep leerlingen die zich de 'Blue Ribbons'noemt, kickt op voorbeeldig gedrag. Steve raakt bevriend met 'buitenstaanders'Gavin en Rachel. Als Gavin zich echter van de een op de andere dag aansluit bij de Blue Ribbons, besluiten Steve en Rachel op onderzoek uit te gaan.
Minnesota, 1990. Detective Bruce Kenner onderzoekt een zaak met betrekking tot een jonge vrouw genaamd Angela, die haar vader John Gray beschuldigt van een onbeschrijfelijke misdaad. Wanneer John onverwacht en zonder herinnering schuld bekent, wordt gerenommeerd psycholoog Dr. Raines ingesteld om hem te helpen zijn herinneringen her te beleven en lijken ze een gruwelijk nationaal mysterie te ontdekken.
Voormalig soldaat Ryan Reeve wordt wakker in de achterbak van een bus zonder enig idee hoe hij daar is gekomen. Ryan wordt beschuldigd van het ontvoeren van een kind maar terwijl hij de puzzelstukjes in elkaar probeert te passen verliest hij negen minuten en zevenenveertig seconden later opnieuw het bewustzijn. Onder onmogelijke omstandigheden heeft hij geen andere keus dan op zoek te gaan naar de reden van zijn geheugenverlies.
Een verscheidenheid aan mensen is ergens op een eiland op zoek naar een lang verborgen schat.Hoofdstukken: 1. The Isle of Fear, 2. The Ghost Talks, 3. The Phantom Duel, 4. Buried Alive, 5. The Girl Who Vanished, 6. Trapped by the Flood, 7. The Cannon Roars, 8. The Circle of Death, 9. The Pirate's Revenge, 10. The Crash, 11. Dynamite, 12. The Bridge of Doom, 13. The Mad Flight, 14. The Jaws of Destruction, 15. Justice