Lió, abril de 1943. A la França ocupada, el tinent Fontaine és detingut pels alemanys i portat a la seu de la Gestapo per ser interrogat. De camí a la fortalesa de Montluc, on ha de ser confinat, salta del cotxe de policia, però aviat torna a ser capturat i és condemnat a mort. Després d'haver perdut el coneixement, comprova que està tancat en una cel·la d'espai reduït. Un dia, mitjançant l'ús d'una agulla, busca la manera de desbloquejar les seves mans emmanillades. A poc a poc, una idea s'anirà convertint en obsessió: fugir.

El 20 de gener de 1942, líders del partit nazi i oficials del govern alemany van mantenir una reunió secreta als afores de Berlín per planificar l'anomenada “solució final”, és a dir, l'extermini dels jueus. Aquesta pel·lícula és una recreació històrica de la Conferència de Wannsee, presidida per Reinhard Heydrich, general de les S.S. i màxim responsable de la seguretat del Tercer Reich.

El Doctor Josef Mengele, conegut membre del partit nazi alemany, es refugia al Brasil després de la caiguda del III Reich. Allí aconsegueix la col·laboració d'un grup de joves militants nazis per continuar els seus experiments aberrants. L'americà Barry Kohler es posa en contacte amb Ezra Liebermann, un caçador de nazis, les investigacions del qual el portaran a descobrir l'esgarrifós pla de Mengele.

Era el maig del 38, en plena Guerra Civil. Els habitants de Benassal, Albocàsser, Ares del Maestrat i Vilar de Canes, a Castelló, no van saber mai del cert qui o qui pilotaven els avions responsables d'aquella atrocitat, encara que la propaganda rebel ho va atribuir als republicans. Ara, 80 anys després, «Experiment Stuka» explica el que realment va passar llavors, on el balanç final va ser de 38 morts i quatre pobles enderrocats.