És el món el que sembla? Thomas Anderson, programador d'una important empresa de software i hacker informàtic amb el sobrenom de Neo, descobrirà que no. Contactarà amb ell un estrany grup encapçalat per Morfeu, qui el mostrarà la veritable realitat que s'amaga darrere l'aparença: un món dominat per les màquines, les quals esclavitzen la humanitat per a utilitzar els nostres cossos com a simple font d'energia. Però, i la nostra ment, on es troba aleshores? La resposta es troba dins Matrix.
La nit del 17 de juny de 1972 cinc lladres són enxampats a l'Hotel Watergate, seu nacional del Partit Demòcrata. Tots ells disposaven de bitllets nous de cent dòlars amb numeració consecutiva, duien material d’escolta i de punxat de telèfons a dojo i, encara més misteriós, advocats de renom els defensen al judici. Dos periodistes, Bob Woodward i Carl Bernstein, cobreixen la notícia per encàrrec del diari The Washington Post. En les seves investigacions, assistits per l'enigmàtic confident Veu Profunda, arribaran cada cop més lluny i cada cop més i més amunt...
El metge nord-americà Ben McKenna gaudeix d'unes vacances amb la seva dona, Jo, i el seu fill, Hank, a l'Àfrica. Els McKenna coneixen un personatge estrany, Louis Bernard, en un autobús. L'endemà, Louis és assassinat en un mercat, però, abans de morir, li revela pistes a Ben sobre un possible atemptat que tindrà lloc a Londres. Els assassins segresten Hank per tal que Ben no digui res a la policia. Ben i Jo, pel seu compte, emprenen un viatge a Londres per rescatar el seu fill.
Harry Paul, un detectiu el prestigi del qual com a especialista en vigilància i en sistemes de seguretat és reconegut pels seus col·legues a tot el país, rep l'encàrrec per part d'un magnat d'investigar la seva jove esposa. Haurà d'escoltar les converses amb un empleat del marit, del qual ella sembla estar enamorada. La missió, per a un expert de la seva categoria, resulta a primera vista inexplicable, ja que la parella no ofereix cap interès fora del corrent. Tot i això, quan Harry dóna per finalitzada la seva feina, adverteix que alguna cosa estranya s'amaga després de la banalitat que ha estat investigant, ja que el seu client es nega a identificar-se, utilitzant sempre intermediaris.
Bill Harford és un metge de Nova York a qui la vida li va molt bé. Té una dona preciosa, una filla i una feina que l'omple. Una nit, Alice, la seva dona, li explica les seves fantasies sexuals i també que va estar a punt de deixar-ho tot i marxar amb un altre home. William queda aclaparat amb la confessió d'Alice i busca respostes.
Richard Hannay està en un music-hall londinenc. De sobte, sona un tret i comença una baralla. Enmig del tumult, una noia espantada li pregunta si pot anar amb ell. Richard accedeix i la porta al seu apartament...
En un país centreeuropeu, el tren Transcontinental Express pateix un gran retard degut al mal temps. Els passatgers pernocten en un petit hotel, on l'Iris Henderson conversa amb una vella institutriu anglesa, la senyora Froy. Poc després de reprendre el viatge, l'Iris s'adona de la desaparició de l'anciana, però els altres passatgers afirmen que la seva amiga no existeix i que ha sofert una al·lucinació.
Washington DC, any 2054. La policia utilitza tecnologia psíquica per arrestar i enjudiciar els assassins abans que cometin un crim. El futur es pot predir i els culpables són detinguts per la unitat d'elit Precrime abans que puguin delinquir. Les proves es basen en els precogs, tres éssers psíquics les visions dels quals dels assassinats mai no han fallat.
Thomas "Neo" Anderson va prendre una costosa decisió quan va decidir fer la pregunta que Morfeu i Trinity havien formulat abans que ell. Cercar i acceptar la veritat. Alliberar la seva ment de Matrix. Ara, Neo adquireix un major domini dels seus extraordinaris poders mentre Sió cau assetjada per l'Exèrcit de les Màquines. Només una qüestió d'hores separa a l'últim enclavament humà a la Terra de 250.000 Sentinelles programats per destruir a la humanitat. Però els ciutadans de Sió, animats per la convicció de Morfeu que l'Elegit farà realitat la Profecia de l'Oracle i posarà fi a la guerra amb les Màquines, posen totes les seves esperances i expectatives en Neo, que es troba bloquejat per visions inquietants mentre cerca quines mesures prendre.
Després d'anys de guerra, la Federació i l'imperi Klingon es disposen per a una conferència de pau. Però el panorama d'una negociació intergalàctica amb implacables enemics, preocupa a l'Almirall Kirk. “Són animals!”, adverteix. Quan una nau Klingon és atacada i responsabilitzen a l'Enterprise, els gossos de la guerra tornen a ser alliberats: ambdós mons es preparen per al que pot ser la seva trobada definitiva.
Ethan Hunt és un superespia capaç de dur a terme la missió més perillosa amb la màxima eficàcia i elegància. Forma part d'un competent equip dirigit per l'agent Jim Phelps, que ha tornat a reunir als seus homes per participar en una dificilíssima missió: evitar la venda d'un disc robat que conté informació secreta de vital importància.
A Nova York, un home ha desaparegut sense deixar rastre. Klute (Donald Sutherland), un policia íntim amic seu, troba una pista a les cartes que aquell escrivia a una prostituta anomenada Bree (Jane Fonda). La veurà per interrogar-la i sorgeix entre ells una apassionada relació amorosa. Mentre Klute prossegueix les seves investigacions als baixos fons, comencen a aparèixer prostitutes assassinades; llavors li assalta la sospita que Bree pugui ser la propera víctima.
Després d'haver dut a terme diverses missions, l'agent especial Ethan Hunt s'ha retirat del servei actiu i s'ha promès amb la seva estimada Julia. Però, quan és segrestat un dels agents entrenats per ell, tornarà de nou a l'acció. També haurà d'enfrontar-se a Owen Davian, un individu sense escrúpols que trafica amb armes i amb informació.
Robert Langdon, un especialista nord-americà en simbologia de molt de renom és a París fent una conferència. El conservador del Louvre, Jacques Saunière, l'ha citat però no es presenta a la trobada. A mitja nit, la policia va a buscar Langdon a l'hotel ja que Saunière ha aparegut assassinat i ell n'és el principal sospitós. Sophie Neveu, una criptògrafa de la policia que resulta ser la néta de la víctima, ajuda Langdon a escapar i tots dos descobriran tot un seguit de secrets amagats en l'obra de Leonardo Da Vinci. Les pistes els conduiran fins a una societat secreta mil·lenària, l'objectiu de la qual ha estat ocultar el Sant Graal.
Queden vint hores per a la irrupció de les màquines a Sió, el darrer bastió dels humans lliures. Mentre el cos de Neo roman en coma, la seva consciència es troba a terra de ningú, en un lloc entre el món humà i el de les màquines.
Un agent de la CIA, Bob Barnes, cau en desgràcia després d'una missió fallida al Líban. L'hereu d'un país del Golf Pèrsic talla la relació amb una empresa de gas d'Estats Units, Connex, per fer negocis amb la Xina. Connex acomiada un munt de treballadors i un d'ells, Wasim Khan, d'origen pakistanès, es fa membre d'un grup fonamentalista. El fiscal Bennett Holiday investigarà Connex quan es fusiona amb Killen, una petita petroliera. Per la seva banda, la CIA veu la necessitat d'intervenir en el país àrab per tal que la participació dels Estats Units en el negoci del gas es mantingui.
L'Ethan Hunt aquesta vegada, dirigeix el seu equip de l'FMI en una missió per a capturar un virus alemany mortal abans que els terroristes l'utilitzin. La seva missió es fa impossible ja que ell no és l'única persona que va al darrere d'aquest virus. Haurà de competir amb una panda de terroristes internacionals encapçalats per un malvat ex agent de l'FMI que ja ha aconseguit fer-se amb l'antídot del virus.