宇宙世紀0074年。 　テキサス・コロニーを離れたエドワウ・マスは身分を偽り、シャア・アズナブルとしてジオン自治共和国国防軍士官学校に入学する。同期となったザビ家の御曹司ガルマと親交を深めるシャア。次第に二人は学生たちからも一目置かれる存在になってゆく。 　そして宇宙世紀0077年、ついに学生たちは独立をかけ地球連邦軍治安部隊に対し武装蜂起する。しかしそれはシャアの描く復讐への壮大なシナリオの幕開けでもあった……。 ——いま、歴史の歯車が回りだす！

原潜USSモンタナは深海で何かに当たって座礁し、連絡が途絶える。海軍大尉コフィは捜索のため、海底油田基地ディープコアに、同基地の設計者であるリンジーとともに乗り込む。基地ではリンジーの夫バッドも働いていたが、夫妻の仲は冷え切っていた。見つかった原潜に生存者はいないが、リンジーはそこで奇妙な生命体を目撃。やがて嵐のせいで海上の基地とディープコアを結ぶケーブルが切れ、同基地の面々の生命に危機が迫る。

牧師だったグラハムは妻の事故死を境に牧師をやめ、弟のメリル、そして二人の子供達と静かに暮らしていた。しかしその家族の前に様々な兆候（サイン）が現れる。愛犬の暴走、畑に出現したミステリーサークル、家の周りに出没する姿の見えない謎の存在。そしてサインは世界各地に現れるようになった。はたしてサインは何を意味するのか。

植民地を求め、遥か彼方の宇宙を行く探査船ダーク・スター。その船に積み込まれていた惑星爆破のための爆弾が流星群に突入した際に故障。クルーたちは船内での爆発を食い止めるため、思考メカニズムの付いた高性能爆弾を説得しようとするが……。