Een gigantische metalen reus valt neer op de aarde en maakt de inwoners van een klein dorpje doodsbang. Alleen de negenjarige Hogarth is niet geschrokken en raakt zelfs bevriend met de reus. Helaas wordt hun vriendschap verstoord door een paranoïde CIA-agent die er er alleen op uit is om de reus te vernietigen.
Na de vorige Godzilla-aanval ontstaat er een mini-wapenwedloop om zijn cellen te verzamelen. Bezorgd over de mogelijke terugkeer van Godzilla, gebruikt de Japanse regering de cellen om een nieuw biowapen te maken, ANEB (Anti-Nuclear Energy Bacteria). Ze roepen de hulp in van geneticus Genshiro Shiragami, wiens experimenten resulteren in een nieuwe mutatie.
Ter gelegenheid van zijn vijftigste verjaardag trekt de legendarische Godzilla de wereld rond, op zoek naar zijn oude vijanden. Helaas moet Godzilla ook afrekenen met een nieuwe, onbekende vijand, het gevaarlijke Monster X.
Nadat een meteoriet een driekoppig beest op Tokio heeft losgelaten, probeert Mothra zich te verenigen met Godzilla en Rodan om de buitenaardse dreiging te bestrijden.
Astronauten Glenn en Fuji onderzoeken Planeet X en ontmoeten mysterieuze buitenaardse wezens die bekend staan als de Xiliens, die de mensen op aarde vragen om hun wereld te redden van 'Monster Zero'. In ruil voor het lenen van Godzilla en Rodan bieden de Xiliens een geneesmiddel tegen kanker aan. Terwijl Glenn onderzoek doet, ontwikkelt hij een romance met juffrouw Namikawa en ontdekt hij de ware bedoelingen van de Xilien.
De 12-jarige Charlotte vindt een mysterieus spinnetje en raakt er al snel door geobsedeerd. Naarmate haar fascinatie voor het wezentje toeneemt, begint deze te groeien … in een monsterlijk tempo. Dan beginnen er in de buurt verdwijningen plaats te vinden en beginnen Charlottes familie en de bewoners van het gebouw te beseffen dat ze in de val zitten. Opgejaagd door een gigantische vraatzuchtige en onverzadigbare spinachtige met een voorliefde voor mensenvlees ...
Wanneer Susan Murphy uit Californië geraakt wordt door een meteoor, groeit ze vijftien meter en wordt ze meteen bestempeld als 'monster', genaamd Ginormica. Het leger neemt haar gevangen in een geheim kamp. Hier blijken door de jaren heen meer monsters vastgehouden te worden. Ginormica maakt kennis met de briljante dokter Cockroach, halfaap-halfvis The Missing Link, de glibberige en onverwoestbare B.O.B., en een gigantische rups die Insectosaurus wordt genoemd.
Wanneer staatshoofden bijeenkomen op de G8-top in Japan, keert Guilala – het intergalactische monster dat in The X from Outer Space van de aarde was verbannen – terug om het Japanse platteland te verwoesten en de wereldleiders te bedreigen. Militaire aanvallen blijken zinloos tegen het beest, maar een verslaggever ontdekt dat een plattelandsgemeenschap een vreemd ritueel bezit dat het wezen zou kunnen beïnvloeden. Minoru Kawasaki regisseert deze campy satire.
Wanneer de onderzeeër Siren 1 vergaat, krijgt Wick Hayes, de ontwerper, onterecht de schuld in zijn schoenen geschoven. Hij wordt opgetrommeld om met een team op onderzoek te gaan in de Siren 2, om uit te vinden wat er gebeurd is, maar wanneer ze het signaal van de zwarte doos van de Siren 1 naar de diepzee volgen, vinden ze een geheim onderzoekslab waar iets gruwelijk misgegaan is.