突如、ザンクト・ポルトにいるアメリア軍の航宙艦が攻撃を受けた。スペースコロニー国家トワサンガが、地球への帰還を目指す「レコンギスタ」作戦を開始したためだった。ザンクト・ポルトには地球内外の4勢力が集結、それぞれが権利を主張して意見を戦わせる中、アイーダは真実を求め、ベルリや仲間とトワサンガを目指すことを決意する。そして月の裏側にあるトワサンガで、ベルリとアイーダに衝撃の事実が明かされる……。
極秘文章「ペールゼン・ファイル」… そこには「異能生存体」と呼ばれる特異遺伝子（不死）の秘密が記されていた。 そこに着目したギルガメス軍 情報省次官 フェドク・ウォッカムは、ファイルにあった「キリコ（主人公）、バーコフ、ゴダン、ザキ、コチャック」の5人をモルモットのごとく過酷な戦場に送り込んでゆく。 そして、百年続いた戦争が終わりを迎えようとする時、両軍の雌雄を決する大作戦が行われようとしていた。 惑星モナド攻略戦…その中心には5人の異能生存体の姿があった…