他人の夢に潜入してアイデアを盗み出す企業スパイのコブは国際指名手配犯であるが、それと同時に妻モルを殺した容疑もかけられていた。そんな彼に日本人男性サイトーからある依頼が。それはこれまでのように思考を盗み出すのではなく、標的にした人物の潜在意識に、あるアイデアを移植する“インセプション”という仕事だった。コブはサイトーを含むスペシャリスト6人を集め、標的の男性ロバートの夢に潜入しようとする。

児童養護施設でつらい子供時代を一緒に過ごし、同じ家族の養子となったニカとリゲル。やがてふたりは心に芽生えた思いがけない気持ちを無視できなくなり、互いに引かれ合ってゆく。

音信不通だった息子のジャックが、ロシアで警察沙汰を起こして身柄を拘束されたことを知る。マクレーンは娘ルーシーに見送られながらロシアへと渡る。ところが、ジャックが出廷するはずだった裁判所は突如爆破され、2人は大混乱の中で再会を果たす。だが、ジャックはマクレーンを突き離してその場から車で去る。それを追う謎の武装集団。状況を理解できていなかったがマクレーンはジャックらを追跡する。壮絶なカーチェイスの末、マクレーンは武装集団の車を大破させて、ジャックと合流する。その後、ジャックが隠れ家と称する建物に到着。そこで、ジャックがCIAの人間であることを知る。安全かと思われたが、謎の武装集団に襲撃される。それを何とか退けて隠れ家から脱出する。 かくして、マクレーンはいつものように愚痴りながらも、ジャックと共に何らかの目的のために行動を開始する。